针对员工假期到期未归的情况，公司需要细致区分不同情形并采取相应的处理措施，以确保合规并维护良好的劳动关系。以下是一些建议的处理步骤：
一、了解未归原因
首先，公司应主动与未归员工取得联系，了解其未归的具体原因。这有助于公司判断员工未归的性质，是因病、因事还是其他原因，从而采取针对性的措施。
二、区分不同情况处理
医疗期未满且未继续办理病假手续：
- 公司应书面催告员工复工，明确告知其已经构成旷工行为，并给予限期补办病假手续的机会。
- 若员工未在规定期限内补办手续或复工，公司可依据规章制度按旷工处理。旷工达到一定天数构成严重违规的，公司可依法与其解除劳动合同。
医疗期未满且继续办理新的病假手续：
- 公司应依法让员工继续享受医疗期，并关注其病情恢复情况。
- 在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同或降低员工待遇。
医疗期已满：
- 公司应以书面形式要求员工确认其不能从事原工作，并考虑为其另行安排工作。
- 若员工拒绝从事另行安排的工作或继续请假不来上班，公司应要求员工书面确认此情况。
- 根据《劳动合同法》第四十条第一项规定，公司可提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并依法支付相应的经济补偿。
非医疗原因且未履行请假手续：
- 对于“不辞而别”的员工，公司应发送返岗通知，明确到岗时间，并告知逾期不返岗的后果。
- 若员工在通知期限内仍未返岗，公司可依据规章制度作出解除劳动合同的决定，并通知工会。
- 公司应向员工邮寄送达《解除劳动合同通知书》，并保留好相关证据。
三、特殊情况处理
- 非员工自身原因无法按时返岗：如因交通延误、自然灾害等不可抗力因素导致员工无法按时返岗，公司应给予理解和支持，并考虑安排员工暂时居家办公或调整工作时间。
- 员工提出以年假抵扣：若员工依法享有年休假且提出以年假抵扣未归时间，公司应正常支付工资报酬，并安排员工在年假期间休息。
四、注意事项
- 保持沟通：在整个处理过程中，公司应保持与员工的沟通，了解其需求和困难，尽量通过协商解决问题。
- 依法处理：公司在处理员工假期到期未归问题时，应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保处理过程的合法性和合规性。
- 保留证据：公司应妥善保留与员工沟通、催告、通知等相关证据，以备不时之需。
综上所述，公司应针对员工假期到期未归的不同情况采取相应的处理措施，确保合规并维护良好的劳动关系。