公司借调部门少给加班费一般是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这意味着，无论劳动者是在原部门还是被借调到其他部门，只要存在加班事实，用人单位都应当按照上述标准支付加班费。

借调情况下的加班费支付

在借调情况下，劳动者虽然工作地点或工作内容发生了变化，但其与用人单位的劳动关系并未改变。因此，借调部门作为用人单位的一部分，同样需要遵守劳动法的规定，支付劳动者应得的加班费。

如果借调部门未按照法律规定支付加班费，劳动者有权要求用人单位支付，并可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。

可能的法律后果

如果公司借调部门少给加班费，劳动者可以采取以下措施：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行协商，要求支付应得的加班费。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付加班费及可能的赔偿金。

建议

1. 保留证据：劳动者在加班时，应尽可能保留相关证据，如加班通知、加班记录、工作成果等，以便在需要时证明自己的加班事实。
2. 及时沟通：如果发现公司借调部门少给加班费，劳动者应及时与公司沟通，明确表达自己的诉求和依据。
3. 寻求法律帮助：如果公司拒绝支付加班费或劳动者对处理结果不满意，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，公司借调部门少给加班费是不合法的。劳动者有权要求公司支付应得的加班费，并可以通过法律途径维护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。