结论：员工在三年后才知道人事变更了其职位，是否可以追究公司赔偿，需根据具体情况判断，主要包括公司是否履行了告知义务、变更是否合法以及员工是否因此遭受损失等多个方面。

分析如下：

1. 公司是否履行了告知义务：

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位在变更劳动合同内容（包括职位变更）时，应当与劳动者协商一致，并采用书面形式进行变更。如果公司未履行告知义务，或者未与员工协商一致就擅自变更职位，那么公司的行为可能构成违法。
   • 在此情况下，员工有权要求公司恢复原职位，或者如果因此遭受了经济损失（如工资减少、奖金损失等），员工可以要求公司进行赔偿。

2. 职位变更是否合法：

   • 即使公司履行了告知义务，也需要判断职位变更是否合法。例如，变更后的职位是否与员工的技能、经验相匹配，是否违反了法律法规的强制性规定（如性别歧视、年龄歧视等）。
   • 如果职位变更不合法，员工同样有权要求公司恢复原职位或进行赔偿。

3. 员工是否因此遭受损失：

   • 员工需要证明自己因职位变更而遭受了实际损失。这可能包括工资减少、奖金损失、职业发展机会受限等。
   • 如果员工能够提供充分的证据证明自己遭受了损失，并且这些损失是由于公司违法变更职位造成的，那么员工有权要求公司进行赔偿。

4. 诉讼时效问题：

   • 需要注意的是，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 在本案例中，员工三年后才知道职位变更，但并不意味着其丧失了所有救济权利。如果员工能够证明自己在知道或应当知道权利被侵害后的一年内内提起了仲裁或诉讼，那么其仍然有可能获得赔偿。然而，这也取决于具体证据和法院或仲裁机构的判断。

建议：

• 如果员工认为自己因公司违法变更职位而遭受了损失，建议首先与公司进行协商，尝试通过友好方式解决争议。
• 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，或者向人民法院提起诉讼。
• 在提起仲裁或诉讼前，员工应尽可能收集相关证据，如劳动合同、职位变更通知、工资单、奖金记录等，以证明自己的主张。

后续行动：

• 员工应尽快咨询专业律师（即我，王胜利律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以便更详细地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
• 根据律师的建议，员工可以决定是否提起仲裁或诉讼，并准备相应的证据和材料。