如果与公司就工伤的停工留薪期有争议，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
了解停工留薪期的相关规定：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
- 在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
与公司协商：
- 首先，尝试与公司进行友好协商，明确表达你对停工留薪期的理解和期望。你可以提供医疗证明、诊断书等相关文件，以支持你的主张。
- 如果公司提出异议，你可以要求公司说明理由，并尝试通过沟通达成共识。
申请劳动能力鉴定：
- 如果协商无果，你可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定，以确定你的停工留薪期。劳动能力鉴定委员会将根据你的伤情和医疗情况，给出专业的鉴定意见。
- 鉴定意见将作为你与公司协商或后续法律程序的依据。
寻求劳动仲裁或诉讼：
- 如果公司仍然拒绝按照鉴定意见或法律规定支付停工留薪期的工资，你可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在劳动仲裁过程中，你需要提供充分的证据来支持你的主张，如医疗证明、诊断书、劳动能力鉴定意见等。
- 如果对劳动仲裁结果不满意，你还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
注意事项：
- 在整个过程中，保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突。
- 及时收集并保存所有相关证据，如医疗记录、工资单、劳动合同等，以备不时之需。
- 如果对法律程序不熟悉，可以考虑咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于劳动纠纷领域），以获得更专业的指导和帮助。
示例说明：
假设你因工作受伤，医生建议需要暂停工作接受治疗6个月。但公司只同意支付3个月的停工留薪期工资。在这种情况下，你可以先与公司协商，提供医疗证明等文件来支持你的主张。如果协商无果，你可以向劳动能力鉴定委员会申请鉴定，确定你的停工留薪期。如果公司仍然拒绝支付，你可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，甚至提起诉讼。
可能遇到的法律后果：
- 如果公司违反法律规定，拒绝支付停工留薪期的工资，可能会面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。
- 你作为劳动者，有权通过法律途径维护自己的合法权益，如果胜诉，公司需要支付你应得的停工留薪期工资及可能的赔偿金。
希望以上信息能对你有所帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。