结论：公司补交面积差是否需要交契税，需根据具体情况判断，但补交面积差本身并不违法。以下从不同角度进行详细分析：
一、契税的缴纳规定
契税是在土地、房屋权属发生转移时，对产权承受人征收的一种税。根据《中华人民共和国契税法》及相关规定，契税的计税依据通常包括房屋买卖的成交价格、土地使用权出让的成交价格等。在房屋买卖中，如果合同约定的面积与实际交付的面积存在差异，且这种差异导致了房屋价款的调整，那么契税的计税依据也可能相应调整。
面积差导致价款增加：
- 如果公司补交面积差是因为实际交付的房屋面积大于合同约定的面积，且这种增加导致了房屋价款的增加，那么根据契税法的规定，公司可能需要就增加的价款部分补缴契税。
面积差未导致价款变化或减少：
- 如果面积差并未导致房屋价款的增加，或者实际交付的面积小于合同约定的面积，且公司因此获得了退款或补偿，那么在这种情况下，公司通常不需要就面积差部分补缴契税。
二、补交面积差的合法性
补交面积差本身并不违法。在房屋买卖中，由于测量误差、设计变更等原因，实际交付的房屋面积与合同约定的面积存在差异是常见现象。只要这种差异在合理范围内，且双方能够协商一致进行处理，就符合法律法规的规定。
合同约定：
- 如果房屋买卖合同中明确约定了面积差异的处理方式，如按照实际面积结算价款、多退少补等，那么双方应按照合同约定执行。
法律法规：
- 即使合同中没有明确约定面积差异的处理方式，根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，双方也可以协商一致进行处理。如果协商不成，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
三、建议与注意事项
审查合同：
- 在处理面积差问题时，公司应首先审查房屋买卖合同中的相关条款，了解双方对面积差异的处理约定。
协商处理：
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，公司应与购房者进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
依法纳税：
- 如果补交面积差导致了房屋价款的增加，公司应依法就增加的价款部分补缴契税，以避免税务风险。
保留证据：
- 在处理面积差问题的过程中，公司应保留好相关证据，如房屋买卖合同、面积测量报告、价款结算凭证等，以备不时之需。
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