结论：公司买卖二手房确实可能涉及差额征税，且这种征税方式是合法的。具体来说，差额征税主要涉及个人所得税和增值税两个方面。

个人所得税方面

1. 征收情况：

   • 当公司作为卖方转让二手房时，需以其转让收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。这里的“差额”即指转让收入与财产原值的差额。

2. 计算公式：

   • 应纳税额 =（转让收入 - 房屋原值 - 转让过程中缴纳的税金 - 合理费用）× 20%。其中，转让收入包括全部价款及相关经济利益；房屋原值根据房屋类型不同而有所差异；转让过程中缴纳的税金包括城市维护建设税、教育费附加、土地增值税、印花税等；合理费用则包括装修费用、贷款利息、手续费、公证费等。

3. 合法性说明：

   • 个人所得税的征收是依据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定进行的，具有明确的法律依据，因此是合法的。

增值税方面

1. 征收情况：

   • 对于非北上广深地区，公司购买2年以上（含2年）的住房对外销售的，免征增值税；购买不足2年的住房对外销售，则需按5%的征收率全额缴纳增值税。
   • 在北上广深地区，若公司购买2年以上（含2年）的非普通住房对外销售，需以销售收入减去购买住房价款后的差额按5%的征收率缴纳增值税；而将购买2年以上（含2年）的普通住房对外销售的，则可免征增值税。

2. 计算公式：

   • 应纳税额 =（含税销售额 - 购买住房价款）÷（1 + 5%）× 5%。

3. 合法性说明：

   • 增值税的征收是依据《中华人民共和国增值税法》及相关规定进行的，同样具有明确的法律依据，因此也是合法的。

其他注意事项

1. 地区差异：

   • 不同地区对于二手房买卖的税收政策可能存在差异，因此在进行交易前，建议详细了解当地的具体政策。

2. 优惠政策利用：

   • 公司可以关注并合理利用相关税收优惠政策，以减轻税负。例如，某些地区可能对于特定类型的房产或特定条件下的交易提供税收减免。

3. 合规性：

   • 在进行二手房买卖时，公司应确保交易行为的合规性，包括但不限于签订正规的买卖合同、办理产权过户手续、按时缴纳税款等。

建议：由于税收政策可能因地区和时间而发生变化，且涉及复杂的法律计算和规定，因此建议公司在进行二手房买卖前，咨询当地税务部门或向我（索建国律师，专注于刑事辩护、房产纠纷领域）进行详细咨询，以确保交易行为的合法性和合规性，并有效减轻税负。