公司可以通过合法途径要求员工返还多发的工资，但需注意程序合法性和证据充分性。具体分析如下：

1. 法律基础与返还依据
   根据《民法典》第122条，因他人没有法律根据取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。公司因计算错误多发的工资属于“不当得利”，员工有义务返还。但需注意：

   • 若员工主观上无过错（如不知情），公司仍可要求返还，但需通过合法程序；
     
   • 若员工拒绝返还，公司可通过协商、劳动仲裁或诉讼解决。

2. 操作步骤与注意事项

   • 第一步：固定证据
     公司需保留以下证据：

     • 工资计算错误的依据（如考勤记录、休假审批单、工资计算表等）；
       
     • 多发工资的具体金额及时间（如银行转账记录、工资条等）；
       
     • 与员工沟通的记录（如邮件、微信等，证明员工知晓多发情况）。
       

   • 第二步：与员工协商
     建议优先通过书面形式（如邮件、函件）与员工沟通，说明计算错误的事实及要求返还的金额，并给予合理期限（如7-15日）。协商时需注意：

     • 语气平和，避免激化矛盾；
       
     • 明确返还方式（如从后续工资中扣除、一次性返还等）。
       

   • 第三步：劳动仲裁或诉讼
     若协商无果，公司可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院提起诉讼。需注意：

     • 劳动仲裁时效为1年，自公司知道或应当知道权利被侵害之日起计算；
       
     • 诉讼时需提交证据证明多发工资的事实及员工拒不返还的证据。
       

3. 特殊情形处理

   • 员工已离职：若员工已离职，公司仍可要求返还，但需通过诉讼或协商解决，无法通过工资扣除方式处理；
     
   • 员工主张善意取得：若员工能证明其不知情且无过错（如公司未提供工资条、未告知计算方式），可能影响返还金额或方式，但法律上仍需返还；
     
   • 公司管理过错：若公司因管理疏漏导致多发（如未及时核对考勤），可能需承担部分责任，但不影响员工返还义务。
     

建议：公司可先通过书面形式与员工沟通，明确要求返还的金额及期限，并保留沟通记录。若员工拒绝，再考虑劳动仲裁或诉讼。如有具体证据或操作疑问，可进一步向我咨询。