结论：行驶证本身的合法性并不直接因备案时未备案拆除件而受到影响，但未备案拆除件可能带来后续管理、年检及法律责任上的问题，建议尽快完成备案手续。

分析说明：

1. 行驶证的合法性：

   • 行驶证是机动车合法上路行驶的法定证件，其合法性主要取决于车辆是否符合国家安全技术标准、是否依法进行了注册登记以及是否按时进行了年检等因素。
   • 车管所已经发放了拆除后的照片和行驶证，这通常意味着车管所已经认可了车辆在拆除某些部件后的状态，并据此发放了行驶证。因此，从行驶证发放的角度来看，行驶证本身是合法的。

2. 未备案拆除件的影响：

   • 备案是车辆管理的重要环节，它有助于车管所掌握车辆的实际情况，确保车辆符合安全技术标准，并便于对车辆进行管理和监督。
   • 如果备案时未备案拆除件，虽然不影响行驶证的合法性，但可能带来后续管理上的问题。例如，在车辆年检时，如果车管所发现车辆实际状态与备案信息不符，可能会要求车主进行整改或面临其他处罚。
   • 此外，如果车辆在未备案的情况下发生了交通事故，且事故原因与拆除件有关，车主可能因未履行备案义务而承担一定的法律责任。

3. 建议措施：

   • 尽快完成备案：车主应尽快前往车管所或相关交通管理部门，提交拆除件的相关证明材料，完成备案手续。这样可以确保车辆的备案信息与实际状态一致，避免后续管理上的麻烦。
   • 保留相关证据：在备案过程中，车主应保留好拆除件的照片、购买凭证、安装或拆除记录等相关证据，以备不时之需。
   • 关注车辆年检：车主应按时进行车辆年检，确保车辆符合安全技术标准。在年检时，如果车管所提出关于拆除件的疑问或要求，车主应积极配合并提供相关证明材料。

后续行动建议：

• 如果您对备案流程或所需材料有疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供详细的指导和帮助。
• 在完成备案后，建议您定期检查车辆的备案信息是否准确无误，以确保车辆的合法性和安全性。

特殊场景提醒：

• 如果拆除的部件涉及车辆的安全性能（如制动系统、转向系统等），车主应特别注意备案的重要性。因为这些部件的拆除可能直接影响车辆的安全性能，如果未进行备案，一旦发生交通事故，车主可能面临更严重的法律责任。