结论：新行驶证是否合法，关键在于拆除装备后是否符合法定登记条件以及是否履行了相应的变更登记手续。若拆除后符合法定条件且已正确履行变更登记（即便未勾选拆除事项但实际已更新照片并符合规定），则新证合法；反之，则可能存在合法性问题。
详细分析：
法定登记条件：
- 根据《机动车登记规定》等相关法律法规，机动车的登记信息（包括车辆外观、装备等）应当与实际状况相符。若车辆加装了某些装备并进行了备案，随后又拆除了这些装备，那么车辆的实际状况已经发生了变化。
- 拆除装备后，车辆必须仍然符合道路交通安全法律法规以及机动车国家安全技术标准的要求，才能被视为合法车辆。
变更登记手续：
- 当车辆的实际状况发生变化时，车主应当及时到车辆管理所办理变更登记手续，以确保登记信息与实际状况一致。
- 在办理变更登记时，车主需要提交相关证明材料，如行驶证、车辆照片等，以证明车辆的实际状况。车辆管理所会根据这些材料以及现场查验情况，决定是否批准变更登记。
新行驶证的合法性：
- 如果车主在拆除装备后，已经按照法定程序到车辆管理所办理了变更登记手续，并且提交了符合规定的车辆照片等证明材料，即使在新行驶证上未明确勾选拆除事项，但只要车辆管理所已经根据实际情况更新了行驶证上的照片，并且确认车辆符合法定登记条件，那么新行驶证就是合法的。
- 然而，如果车主未按照法定程序办理变更登记手续，或者提交的证明材料不符合规定，导致行驶证上的信息与实际状况不符，那么新行驶证就可能存在合法性问题。在这种情况下，车主可能会面临交通管理部门的处罚，如罚款、扣留行驶证等。
建议：
- 如果您已经拆除了车辆上的装备，并且已经更新了行驶证照片但未勾选拆除事项，建议您尽快到车辆管理所咨询并确认新行驶证的合法性。
- 如果车辆管理所确认新行驶证合法，那么您可以放心使用；如果车辆管理所指出存在问题，那么您应当按照要求及时补办变更登记手续，以确保行驶证的合法性和车辆的正常使用。
后续行动：
- 在处理此类问题时，务必保留好所有相关证明材料，如行驶证、车辆照片、变更登记申请表等，以备不时之需。
- 如果您对车辆管理所的决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
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