结论：行李架自行拆除未备案，一般情况下不会直接影响行驶证的合法性，但可能涉及车辆改装合法性及年检问题，进而间接影响车辆的正常使用。

详细分析：

1. 行驶证合法性的核心要素：

   • 行驶证是车辆合法上路的凭证，其合法性主要取决于车辆是否符合国家安全技术标准、是否依法进行注册登记以及是否按时进行年检等。
   • 行李架作为车辆的一个附加部件，其存在与否通常不是行驶证合法性的直接决定因素。

2. 自行拆除行李架的法律影响：

   • 改装合法性：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，车辆改装需符合国家安全技术标准，并可能需要向车辆管理所申请变更登记。自行拆除行李架，若未改变车辆主体结构或影响车辆安全性能，通常不被视为非法改装。但若拆除后未进行相应备案或调整，且车辆外观因此发生显著变化，可能引发交警部门的关注。
   • 年检问题：车辆年检时，会对车辆的整体状况进行检查，包括外观、安全性能等。若行李架拆除后未进行适当处理（如填补孔洞、恢复原状等），可能影响车辆外观的整洁度或安全性，从而在年检时遇到问题。年检不合格将直接影响车辆的正常使用，但并不直接导致行驶证失效。

3. 建议措施：

   • 咨询当地车管所：不同地区对于车辆改装和备案的具体要求可能有所不同。建议咨询当地车辆管理所，了解自行拆除行李架后是否需要办理相关备案手续。
   • 保持车辆外观整洁：若决定拆除行李架，应确保拆除后车辆外观整洁，不影响车辆的安全性能。如有必要，可对拆除部位进行适当处理，如填补孔洞、喷漆等。
   • 关注年检要求：在车辆年检前，应仔细检查车辆状况，确保符合年检标准。若因行李架拆除导致年检不合格，应及时进行整改并重新申请年检。

后续行动建议：

• 若您对车辆改装或备案流程有进一步疑问，或担心自行拆除行李架可能带来的法律风险，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。