当平均工资低于合同工资时，工资的计算方式主要取决于劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
劳动合同的约定优先：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，如果劳动合同中明确约定了工资标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付劳动者工资。
- 如果劳动合同中约定的工资标准高于实际发放的平均工资，且没有合法理由（如劳动者缺勤、违纪等）进行扣减，那么用人单位可能构成拖欠工资，劳动者有权要求用人单位补足差额。
法律法规的兜底保护：
- 即使劳动合同中没有明确约定工资标准，或者约定的工资标准低于当地最低工资标准，用人单位也应当按照不低于当地最低工资标准的金额支付劳动者工资。这是法律法规对劳动者基本生活保障的兜底保护。
- 如果用人单位支付的工资低于当地最低工资标准，劳动者可以向当地劳动保障监察机构投诉，要求用人单位补足差额，并可能面临行政处罚。
平均工资的计算方式：
- 平均工资通常指的是劳动者在一定时期内（如一个月、一年）所获得的全部工资收入的总和除以该时期的天数或月数得出的平均值。
- 在计算平均工资时，应当包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有形式的工资性收入。如果用人单位在计算平均工资时故意遗漏某些工资性收入，导致平均工资低于合同工资，劳动者有权要求用人单位重新计算并补足差额。
特殊情况下的工资计算：
- 如果劳动者因缺勤、违纪等原因导致实际发放的工资低于合同工资，且这些原因在劳动合同或用人单位的规章制度中有明确规定，那么用人单位可以按照相关规定进行扣减。
- 如果劳动者对用人单位的扣减有异议，应当及时与用人单位沟通协商，或者通过劳动争议调解、仲裁等途径解决。
举例说明：
假设劳动者与用人单位签订的劳动合同中约定的月工资为5000元，但实际发放的平均工资为4000元。如果劳动者没有缺勤、违纪等情况，且用人单位没有合法理由进行扣减，那么劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定的5000元/月支付工资，并补足之前少发的差额。
建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资标准的约定，确保自己的权益得到保障。
- 如果发现用人单位支付的工资低于合同工资或当地最低工资标准，劳动者应当及时与用人单位沟通协商，或者向当地劳动保障监察机构投诉。
- 在处理工资纠纷时，劳动者可以保留好相关证据（如劳动合同、工资条、银行转账记录等），以便在需要时维护自己的合法权益。
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