离职申请提交后，工资一般应计算至离职当日，且用人单位需一次性结清。具体分析如下：

1. 工资计算周期
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。这意味着，无论离职申请是员工主动提出还是双方协商一致，工资均需计算至实际离职日（即最后工作日），且不得拖延支付。

2. 特殊情况处理

   • 未提前通知离职：若员工未提前30日（试用期3日）通知用人单位即离职，用人单位可依据《劳动合同法》第九十条要求赔偿损失，但不得以此为由克扣工资。工资仍需按实际工作天数计算至离职日。
     
   • 工资结算争议：若用人单位主张员工未完成工作交接、造成损失等，需通过劳动仲裁或诉讼主张赔偿，不得直接从工资中扣除。工资与赔偿是两个独立法律关系，需分别处理。

3. 操作建议

   • 员工：离职前应核对考勤记录、工资条，确认工资计算无误；若用人单位拖延支付，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 用人单位：需在离职当日或约定时间内结清工资，避免因拖欠工资引发劳动争议；若员工未交接工作，可通过法律途径追责，但不得擅自扣发工资。

总结：离职申请提交后，工资计算以实际工作天数为准，用人单位需一次性结清。若遇争议，建议双方保留证据（如考勤、工资条、离职协议等），通过合法途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。