结论：在员工连续两年考核不合格的情况下，用人单位在符合法定程序、确保考核制度的合理性和公正性，并遵循相关法律法规的前提下，有权解除劳动合同，但此过程需严格依法操作，且用人单位应考虑给予员工改正和提高的机会。
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第二项：
- 劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付一个月工资后解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项（若规章制度有明确规定）：
- 若用人单位规章制度中明确规定连续两年考核不合格属于严重违反规章制度，且该制度经民主程序制定、内容合法并已公示或告知劳动者，则用人单位可依据此规定解除劳动合同，无需提前通知或支付经济补偿。
二、具体条件与程序
不胜任工作的认定：
- 用人单位需有明确的绩效考核标准，且该标准应合法、合理、公正。
- 劳动者连续两年考核不合格，需基于客观、公正的考核结果，避免主观偏见。
培训与调岗：
- 在认定劳动者不胜任工作后，用人单位应首先对其进行培训或调整工作岗位。
- 培训应具有针对性和实效性，调岗应合理且符合劳动者专业背景。
再次考核：
- 经过培训或调岗后，用人单位应对劳动者进行再次考核，评估其是否能胜任新工作或有所改进。
通知与补偿：
- 若劳动者经过培训或调岗后仍不能胜任工作，用人单位可依据上述法律条款解除劳动合同。
- 此时，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或额外支付一个月工资作为代通知金。
- 同时，用人单位还需按照《劳动合同法》第四十七条的规定向劳动者支付经济补偿金，计算公式为：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、注意事项
合法性审查：
- 用人单位的绩效考核制度应经过民主程序制定，并向劳动者公示，确保考核制度的合法性和公正性。
- 解除劳动合同的决定必须基于合法、合理的考核结果，避免滥用解除权。
员工权益保护：
- 用人单位在处理员工考核不合格情况时，应充分考虑员工的权益和发展，寻求最佳解决方案。
- 员工应了解自己的权益和可能的救济途径，如认为用人单位的辞退行为违法或不公，可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。
其他处理方式：
- 除了直接解除劳动合同，用人单位还可考虑其他处理方式，如内部调岗、再次培训等，以最大化员工价值并维护企业稳定。
总结：连续两年考核不合格并非必然导致开除，但用人单位在符合法律法规、确保考核制度合理公正，并遵循法定程序的前提下，有权采取相应措施解除劳动合同。同时，用人单位应充分考虑员工的权益和发展，寻求最佳解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。