针对您提出的问题，即公司扣了公积金但未上交，您后续自己出钱交了，这种情况下是选择仲裁还是起诉，我的分析如下：

1. 首先明确法律关系与责任：

   • 根据《住房公积金管理条例》的相关规定，用人单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。公司扣除公积金但未上交，显然违反了这一规定，公司应当承担补缴的责任。
   • 您后续自己出钱交了公积金，这并不免除公司应承担的法律责任。您有权要求公司返还您已代缴的公积金，并要求公司按照规定补缴其应承担的部分。

2. 关于选择仲裁还是起诉：

   • 仲裁途径：如果您的劳动合同或公司规章制度中有关于公积金缴纳争议的仲裁条款，或者您与公司之间有明确的仲裁协议，那么您可以选择向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁通常具有相对快捷、保密性强的特点，且仲裁裁决具有法律效力，双方必须履行。
   • 诉讼途径：如果您与公司之间没有仲裁协议，或者您认为仲裁不是解决争议的最佳方式，那么您可以选择向人民法院提起诉讼。诉讼是解决民事争议的一种正式方式，通过法院的审判，可以明确双方的权利义务，并作出具有强制执行力的判决。

3. 具体建议：

   • 收集证据：无论您选择仲裁还是诉讼，都需要收集相关证据来支持您的主张。这包括但不限于工资条、公积金缴纳记录、与公司沟通的记录等。
   • 咨询专业意见：在决定选择仲裁还是诉讼之前，建议您咨询专业的劳动法律师，了解具体案件的法律适用和诉讼策略。
   • 考虑成本与效率：仲裁和诉讼都有其成本和效率方面的考量。仲裁可能相对快捷，但费用可能较高；诉讼则可能耗时较长，但费用相对透明。您需要根据自己的实际情况和需求来选择。

4. 可能的法律后果：

   • 如果您选择仲裁或诉讼并胜诉，公司将被要求返还您已代缴的公积金，并补缴其应承担的部分。同时，公司还可能面临行政处罚，如罚款等。
   • 如果您败诉，则可能需要承担一定的诉讼费用或仲裁费用，且无法获得您期望的赔偿或补缴。但这种情况通常较少见，只要您有充分的证据和合理的诉求。

综上所述，您可以选择仲裁或诉讼来解决公司扣了公积金但未上交的问题。具体选择哪种方式，需要根据您的实际情况、证据收集情况、成本与效率考量等因素来综合决定。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。