结论：工人在上班操作中打电话超时是否应该扣工时费，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
分析角度一：公司规章制度
规章制度内容：
- 首先，需要查看公司的规章制度中是否有明确规定关于员工在上班期间使用手机或进行私人通话的相关条款。
- 如果规章制度中明确规定了禁止在上班期间进行私人通话或规定了通话时间的限制，并且明确了违反规定的处罚措施，那么公司有权根据规章制度对员工进行相应的处罚，包括扣除工时费。
规章制度的合法性：
- 规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向员工公示或告知。如果规章制度存在违法或不合理之处，或者未经民主程序制定、未向员工公示或告知，那么该规章制度可能无效，公司不能据此对员工进行处罚。
分析角度二：相关法律法规
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有完成劳动任务的义务，同时享有获得劳动报酬的权利。
- 如果员工因私人通话导致工作延误或未完成工作任务，公司可以根据实际情况对员工进行批评教育或调整工作岗位等处理，但直接扣除工时费可能涉及侵犯员工的劳动报酬权，需要谨慎处理。
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司要扣除员工的工时费，必须确保有合法的依据和合理的理由，并且扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
分析角度三：实际操作建议
沟通协商：
- 如果公司发现员工在上班期间频繁打电话超时，建议首先与员工进行沟通协商，了解原因并提醒员工注意工作时间的使用。
- 通过沟通协商，可以增进双方的理解和信任，避免不必要的纠纷和冲突。
完善规章制度：
- 如果公司认为有必要对员工在上班期间使用手机或进行私人通话进行限制，建议完善相关规章制度，明确规定通话时间的限制、违反规定的处罚措施等。
- 同时，要确保规章制度的合法性和合理性，并经过民主程序制定、向员工公示或告知。
依法处理：
- 如果员工确实违反了公司的规章制度或相关法律法规，公司可以依法对员工进行处理，但处理方式必须合法、合理、公正。
- 在处理过程中，要尊重员工的合法权益，避免侵犯员工的劳动报酬权、休息休假权等。
总结与建议：
工人在上班操作中打电话超时是否应该扣工时费，需要根据公司的规章制度、相关法律法规以及实际情况来综合判断。如果公司有明确的规章制度且合法合理，员工确实违反了规定，那么公司可以依法对员工进行处理；但如果规章制度存在违法或不合理之处，或者公司没有合法的依据和合理的理由扣除工时费，那么公司可能面临法律风险。因此，建议公司在处理此类问题时谨慎行事，依法依规进行操作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。