社保征收部门是否认可判决存在劳动关系但超过时效的情况，需分情况讨论：

1. 社保补缴的时效性规定
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保征收部门对用人单位未按时足额缴纳社保费的，具有追缴职责，但法律未明确规定社保补缴的时效限制。实践中，部分地区（如广东、北京）通过规范性文件明确社保补缴不受2年追诉期限制，但需以社保部门实际执行为准。因此，若判决确认劳动关系存在，即使劳动仲裁或诉讼时效已过，社保征收部门仍可能依据判决要求用人单位补缴社保。

2. 判决的执行力与社保部门的协作
   法院生效判决具有强制执行力，若判决明确劳动关系存续期间及用人单位未缴纳社保的事实，社保征收部门通常需配合执行。但需注意：

   • 若用人单位提出时效抗辩（如主张劳动者未在法定期间内主张权利），社保部门可能结合地方政策综合判断；
     
   • 若判决未明确补缴金额或期间，社保部门可能要求劳动者或用人单位补充材料，甚至通过行政程序重新核定。

3. 地方政策差异的影响
   部分地区社保部门可能以“超过行政追缴时效”为由拒绝补缴，但此类做法缺乏上位法依据，存在被复议或诉讼撤销的风险。例如，最高人民法院在（2020）最高法行再3号案中明确：社保部门对用人单位欠缴社保费的追缴不受《劳动保障监察条例》2年时效限制。因此，若地方政策与上位法冲突，判决的效力可能优先适用。

建议行动：

• 持生效判决书向当地社保征收部门申请补缴，并强调判决的既判力及社保补缴无时效限制的司法实践；
  
• 若遭拒，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求社保部门履行法定职责；
  
• 同步咨询当地社保政策，部分地区可能要求通过“社保稽核”程序而非直接执行判决，需按流程提交材料。
  

如有进一步细节（如地区、判决内容等），可提供更多信息以便针对性分析。