结论：劳动关系判决书中承认劳动关系存在，但最后判决驳回诉讼时效超时，意味着法院认可了双方存在劳动关系这一事实，但因为原告提起诉讼的时间超过了法律规定的诉讼时效期间，所以法院没有支持原告的诉讼请求。

详细解释：

1. 劳动关系确认：

   • 判决书中的“承认劳动关系存在”是法院对双方之间是否存在劳动关系这一事实的认定。这通常基于双方提供的证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证等，来确认双方是否建立了劳动关系。

2. 诉讼时效超时：

   • 诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的法律制度。在劳动争议案件中，诉讼时效通常指的是从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算的一段时间，超过这个时间，权利人再提起诉讼，法院可能不再支持其诉讼请求。
   • 在您的情况下，虽然法院确认了劳动关系的存在，但由于原告提起诉讼的时间超过了法律规定的诉讼时效期间，因此法院没有支持原告的诉讼请求，即驳回了原告的起诉。

3. 法律后果：

   • 一旦法院以诉讼时效超时为由驳回起诉，原告就失去了通过法律途径直接解决该争议的机会。但这并不意味着原告的权利完全丧失，如果原告能够证明存在诉讼时效中断或中止的情形（如向对方主张过权利、对方同意履行义务等），或者双方能够协商解决争议，原告仍然有可能实现其权利。

4. 建议：

   • 如果您是原告，且认为自己的诉讼时效确实超时了，但存在诉讼时效中断或中止的情形，您可以考虑提起上诉或申请再审，提供相关证据来证明您的主张。
   • 如果您认为双方还有协商解决争议的可能，也可以尝试与对方进行沟通，寻求和解或调解的方式解决争议。
   • 在未来的法律事务中，建议您注意诉讼时效的问题，及时行使自己的权利，避免因为超过诉讼时效而丧失法律保护的机会。

总结：劳动关系判决书中承认劳动关系存在但驳回诉讼时效超时的判决，是法院在确认劳动关系事实的同时，因原告提起诉讼的时间超过了法律规定的诉讼时效期间而作出的。这提醒我们在处理法律事务时，要注意诉讼时效的问题，及时行使自己的权利。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。