若法院在劳动关系确认之诉中认为已超时效，这通常意味着您可能未在法定的仲裁或诉讼时效期间内主张权利。不过，这并不意味着您完全丧失了救济途径，以下是一些可能的应对策略和法律分析：

1. 核查时效起算点：

   • 首先，确认时效的起算点是否准确。根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。若您能证明时效起算点有误，例如因对方隐瞒事实导致您未能及时知晓权利受损，可能有机会重新主张时效。
   • 特殊情况：若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受一年时效限制；但劳动关系终止的，应自终止之日起一年内提出。

2. 考虑时效中断或中止：

   • 时效中断：若您在时效期间内曾向对方主张权利、请求救济或对方同意履行义务，时效会中断并重新计算。保留相关证据（如书面通知、聊天记录等）至关重要。
   • 时效中止：若因不可抗力（如自然灾害、疾病等）或其他正当理由无法申请仲裁，时效中止，原因消除后继续计算。需提供充分证据证明中止事由。

3. 审视诉讼时效与仲裁时效的关系：

   • 劳动争议案件通常需先经过仲裁程序，对仲裁裁决不服方可在规定时间内向法院提起诉讼。虽然诉讼时效为三年，但若仲裁时效已过，可能失去诉讼资格。因此，及时行动是关键。

4. 可能的救济途径：

   • 申请再审或抗诉：若法院判决已生效且您认为存在错误，可依据《民事诉讼法》相关规定申请再审或向检察院申请抗诉，但需满足法定条件且难度较大。
   • 协商或调解：尝试与对方协商解决争议，或寻求工会、劳动监察部门等第三方调解，可能达成双方都能接受的解决方案。
   • 关注特殊政策或规定：某些地区或行业可能有特殊政策或规定，对时效问题有例外处理，可咨询当地劳动部门或专业律师了解详情。

5. 预防未来争议的建议：

   • 及时主张权利：一旦发现权利受损，立即采取行动，避免拖延导致时效过期。
   • 保留证据：妥善保存劳动合同、工资条、工作记录等相关证据，以备不时之需。
   • 法律咨询：在面临复杂或不确定的法律问题时，及时向我咨询，确保自身权益得到有效保护。

示例说明： 假设您于2022年5月离职，因未收到最后两个月工资而欲确认劳动关系并追讨工资。若您在2023年6月才提起劳动仲裁，且无法证明时效中断或中止，法院可能以超过一年仲裁时效为由驳回申请。但若您能证明在2022年6月至2023年5月期间曾向对方主张权利或存在其他中断/中止事由，则可能重新获得法律保护。

最后，面对法院认为超时效的情况，不要轻易放弃。仔细分析时效起算点、中断或中止事由，并考虑上述救济途径。同时，未来在处理类似问题时，务必及时主张权利并保留好相关证据。 有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。