结论：当员工诉讼确认劳动关系超过仲裁时效时，并不意味着完全丧失维权机会，仍可通过多种途径尝试解决，包括协商、收集证据、考虑其他维权途径以及寻求法律帮助。以下是对此问题的详细分析：
一、了解劳动仲裁时效的相关规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定同样适用于确认劳动关系的仲裁申请。然而，仲裁时效并非绝对不可变通，存在中断与中止的情形：
- 中断：在仲裁时效期间内，因一方当事人向对方主张权利，或向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 中止：因不可抗力或其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
二、超过仲裁时效的后果
- 仲裁不予受理：劳动争议仲裁委员会可能以当事人的仲裁申请超过法定时效期限为由，作出不予受理的决定。
- 诉讼风险增加：即使仲裁委员会受理了案件，若对方提出时效抗辩，且没有时效中断或中止的事由，劳动者的权益可能难以得到支持。
三、应对策略与建议
尝试协商解决：
- 尽管超过了仲裁时效，但劳动者仍可尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商过程中，可以强调双方的合作关系和长远利益，以及解决纠纷对双方都有利。
收集并保留证据：
- 整理所有与劳动关系及争议相关的证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录、工作证、同事证言等。这些证据可能在后续的调解、诉讼或其他法律程序中发挥重要作用，有助于证明劳动关系的存在。
考虑其他维权途径：
- 向劳动保障监察部门投诉：如果用人单位存在违法行为，如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等，劳动者可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉举报。
- 提起民事诉讼：虽然超过了仲裁时效，但如果劳动者有充分的证据证明自己的权益受到侵害，且符合民事诉讼的起诉条件，可以考虑直接向人民法院提起诉讼。不过，需注意法院可能会审查是否超过诉讼时效，此时需结合具体案情和法律规定判断是否有胜诉可能。在诉讼过程中，应重点围绕劳动关系认定的核心证据进行举证，如工资支付记录、考勤记录等。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对法律程序不熟悉或感到困惑，可以向我咨询，我将提供专业的法律意见和指导，帮助劳动者更好地维护自己的合法权益。在咨询时，请详细描述案情，并提供相关证据材料，以便我能更准确地评估案情并给出建议。
四、特殊情形下的考量
- 时效中断与中止的适用：如果劳动者在仲裁时效期间内曾向用人单位主张过权利，或向有关部门请求过权利救济，或存在不可抗力等正当理由导致无法申请仲裁，应积极收集相关证据以证明时效的中断或中止。
- 利益平衡原则：在司法实践中，法院会综合评估双方过错程度与社会影响。例如，若用人单位长期未签订劳动合同且持续用工，可能被视为恶意规避法律，此时法院更倾向于支持劳动者的诉求。
最后，超过仲裁时效并不意味着完全丧失维权机会。劳动者应积极采取措施，尝试通过协商、投诉、诉讼等途径解决纠纷，并寻求专业的法律帮助以提高维权成功率。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。