结论：五千元的工资由公司和甲方分发，对员工是否有影响，这主要取决于工资分发的具体方式、合同约定以及相关法律法规的遵循情况。以下从几个方面进行详细分析：
合同约定与工资分发方式：
- 如果员工与公司、甲方之间有明确的合同约定，规定了工资的分发方式、比例或时间等，那么只要各方都按照合同约定来执行，对员工来说通常不会有负面影响。工资的分发方式（如由公司单独发放、由甲方单独发放或由公司和甲方共同发放）只要符合合同约定，就是合法的。
- 法律建议：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资分发的部分，确保自己的权益得到保障。如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，员工有权要求公司或甲方进行明确说明，并在必要时寻求法律帮助。
工资分发的合法性与合规性：
- 无论工资由谁分发，都必须遵守国家相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。这些法律法规规定了工资的支付标准、支付时间、支付方式等，任何违反这些规定的行为都可能对员工造成不利影响。
- 法律后果：如果公司或甲方未按照法律法规的规定支付工资，员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的权益。这可能导致公司或甲方面临罚款、赔偿等法律责任。
工资分发的实际影响：
- 从实际角度来看，工资由公司和甲方分发可能会给员工带来一些不便，比如需要分别接收两笔工资、处理不同的税务问题等。但这些不便通常不会构成实质性的影响，只要员工能够妥善管理自己的财务和税务事务。
- 特殊情况：如果公司或甲方在分发工资时存在拖延、克扣或无故减少等情况，那么这将对员工的生活和工作造成直接影响。在这种情况下，员工应积极与公司或甲方沟通，寻求解决方案；如果沟通无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
税务与社保问题：
- 工资的分发方式还可能涉及税务和社保问题。如果工资由公司和甲方分别发放，员工可能需要分别向两家单位提供税务和社保相关的信息，并确保自己的税务和社保缴纳情况符合法律法规的规定。
- 法律建议：员工应了解自己的税务和社保缴纳情况，确保自己的权益得到保障。如果对公司或甲方的税务和社保处理方式有疑问，可以向相关部门咨询或寻求法律帮助。
总结与建议：五千元的工资由公司和甲方分发，对员工是否有影响主要取决于合同约定、法律法规的遵循情况以及实际分发过程中的具体操作。为了确保自己的权益得到保障，员工应仔细阅读劳动合同条款、了解相关法律法规、妥善管理自己的财务和税务事务，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。