甲方员工在合资公司上班，工资应由合资公司发放。以下是对此结论的详细分析：

一. 工资发放主体的确定

1. 根据劳动合同关系确定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位建立劳动关系，用人单位应当履行支付劳动报酬的义务。在合资公司中，员工是与合资公司建立劳动关系的，因此工资应由合资公司发放。
2. 合资公司的法律地位：合资公司作为一个独立的法人实体，具有独立的财产权和经营权，包括支付员工工资的权利和义务。

二. 法律依据

• 《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条规定：“劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务”。但此条款主要适用于劳务派遣关系，而本题中员工是在合资公司上班，并非劳务派遣，因此不适用此条款。
• 更重要的是，《中华人民共和国劳动合同法》第十七条明确规定了劳动合同应当具备的条款，其中包括“劳动报酬”。这表明，与员工建立劳动关系的用人单位（在本题中为合资公司）应承担支付工资的责任。

三. 实际运作中的体现

• 在实际运作中，合资公司会根据其内部的薪酬制度和员工的劳动合同约定，按时向员工发放工资。这是合资公司作为用人单位的基本义务之一。

综上所述，甲方员工在合资公司上班时，其工资应由合资公司发放。这是基于劳动合同关系以及合资公司作为独立法人实体的法律地位所决定的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。