甲方代发工资扣发工资的，是否需要承担责任，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、甲方与劳动者之间的法律关系
若甲方与劳动者存在劳动关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位（即甲方）应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。
- 若甲方扣发工资，则构成违法行为，需要承担相应的法律责任，包括但不限于支付拖欠的工资、加付赔偿金等。
若甲方与劳动者不存在劳动关系，而是受第三方委托代发工资：
- 甲方作为代发工资的主体，其责任主要取决于与委托方之间的约定以及相关法律法规的规定。
- 如果甲方按照委托方的指示和约定代发工资，且没有过错或故意扣发工资的行为，则通常不需要对劳动者承担直接的法律责任。但甲方有义务确保代发工资的准确性和及时性，若因甲方原因导致工资发放错误或延误，甲方可能需要承担相应的违约责任或赔偿责任。
- 如果甲方与委托方之间的约定违反了法律法规的强制性规定，或者甲方在代发工资过程中存在过错或故意扣发工资的行为，则甲方可能需要与委托方共同承担责任，或者根据具体情况单独承担责任。
二、扣发工资的具体情形
合法扣发：
- 在某些特定情况下，如劳动者违反公司规章制度、给公司造成损失等，用人单位（或代发工资的甲方，若其受用人单位委托并有权进行此类操作）可能依法扣发部分工资作为赔偿或处罚。但这种扣发必须符合法律法规的规定，且不得超过法定限额。
非法扣发：
- 如果甲方无正当理由扣发工资，或者扣发的金额超过了法律法规规定的限额，则构成非法扣发工资。在这种情况下，甲方需要承担法律责任，包括支付拖欠的工资、加付赔偿金，并可能面临劳动行政部门的处罚。
三、法律建议
对于劳动者：
- 如果发现甲方扣发工资，首先应与甲方进行沟通，了解扣发的原因和依据。
- 如果认为甲方的扣发行为违法或不合理，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于甲方：
- 在代发工资过程中，应严格遵守法律法规的规定和与委托方的约定，确保工资的准确性和及时性。
- 如果需要扣发工资，应确保扣发的原因合法、合理，并符合法律法规规定的限额和程序。
- 如遇法律纠纷或争议，应及时咨询专业律师，以便妥善处理。
总结来说，甲方代发工资扣发工资是否需要承担责任，取决于甲方与劳动者之间的法律关系、扣发工资的具体情形以及相关法律法规的规定。在处理此类问题时，建议各方都保持谨慎和合规的态度，以避免不必要的法律风险和纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。