因病不能上班，用人单位克扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度为你进行的分析：
一、法定医疗期内的情况
医疗期定义与长度：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据实际参加工作年限和在本单位工作年限，会给予三个月到二十四个月的医疗期。
病假工资支付标准：
- 在法定医疗期内，用人单位应支付病假工资或疾病救济费。这一数额可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则病假工资每月不得低于1600元。
- 同时，也有观点认为，用人单位应当按照不低于本人标准工资的60%支付疾病津贴，但这一标准可能因地方政策或企业规定而有所提高。在实际操作中，应遵循就高不就低的原则，确保员工权益得到充分保障。
用人单位行为合法性：
- 若用人单位在法定医疗期内克扣工资，属于违法行为。劳动者有权要求用人单位按时支付全额工资，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
二、超过法定医疗期的情况
不能从事原工作及另行安排的工作：
- 若员工超过法定医疗期仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同，但需按《劳动合同法》规定支付经济补偿。在此情况下，若员工未提供劳动，用人单位可不支付工资，但不得克扣之前已支付过的工资。
能从事工作：
- 若员工超过法定医疗期后能从事用人单位安排的工作，则应按照正常工资支付标准支付工资，用人单位不得克扣。
三、工伤医疗期的情况
- 对于因工负伤的员工，根据《工伤保险条例》，在停工留薪期内（一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长至24个月），原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。在此期间，用人单位克扣工资是违法的。
四、维权途径与建议
与用人单位协商：
- 若遇到因病不能上班被克扣工资的情况，劳动者应首先与用人单位协商解决，了解克扣工资的具体原因，并要求用人单位提供合理的解释和依据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并依法处理用人单位的违法行为。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以向劳动合同履行地或者用人单位住所地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及相应的经济补偿。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满意，劳动者还可以依法向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：因病不能上班时，用人单位克扣工资是否合法需根据具体情况判断。在法定医疗期内和工伤医疗期内，用人单位不得克扣工资；超过法定医疗期后，若员工能从事工作，用人单位也不得克扣工资。若遇到克扣工资的情况，劳动者应通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。