结论前置：违法降薪后公司补发工资，您仍然有权申请劳动仲裁，但具体情形和仲裁请求的侧重点会有所不同。

详细分析：

1. 违法降薪的法律性质：

   • 公司未经您同意单方面降低工资，属于违法行为，违反了《劳动合同法》中关于劳动合同变更的规定。劳动合同的变更（包括工资的调整）应当经双方协商一致，并采用书面形式。

2. 补发工资后的法律状态：

   • 即使公司后来补发了工资，这并不改变其之前违法降薪的事实。补发工资是公司对其违法行为的纠正，但并不能消除您因此可能遭受的其他损失或权益侵害，如精神损害、因工资减少导致的其他经济损失等（如果有的话）。

3. 申请劳动仲裁的权利：

   • 您仍然有权就公司违法降薪的行为申请劳动仲裁。在仲裁申请中，您可以要求公司确认其违法降薪的行为，并可能要求公司支付因违法降薪给您造成的其他损失（如上述提到的精神损害、其他经济损失等，具体需根据实际情况和证据来定）。
   • 如果公司在补发工资的同时，没有给予您任何形式的赔偿或道歉，且您认为公司的行为对您造成了不良影响，您更可以在仲裁中提出相应的诉求。

4. 仲裁请求的侧重点：

   • 在申请仲裁时，您的请求可能不再主要是要求公司支付被降薪的工资（因为这部分已经补发），而是可能侧重于要求公司确认违法降薪的事实、支付因违法降薪导致的其他损失、恢复名誉（如果适用）等。

5. 实际操作建议：

   • 在申请仲裁前，建议您先收集并整理好相关证据，如工资条、降薪通知、补发工资的记录等，以证明公司的违法降薪行为及您的损失。
   • 同时，您可以考虑咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于劳动仲裁等领域），以更准确地评估您的权益和制定仲裁策略。

总结与建议： 违法降薪后公司补发工资，并不影响您申请劳动仲裁的权利。您可以根据实际情况和证据，就公司违法降薪的行为提出相应的仲裁请求。在申请仲裁前，建议您充分准备证据并咨询专业律师，以确保您的权益得到最大程度的保护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。