结论：公司放假和员工请假重叠扣全勤奖是否违法需分情况讨论，若公司规章制度合法且已履行民主程序和公示告知义务，则可能合法；反之则可能违法。以下是具体分析：
公司规章制度合法且已履行民主程序和公示告知义务的情况
- 合法性分析：根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 全勤奖扣除合理性：如果公司的全勤奖制度明确规定，在放假期间请假将扣除全勤奖，且该制度经过了上述民主程序和公示告知程序，那么公司扣除全勤奖的行为可能是合法的。因为全勤奖本质上属于公司给予员工的一种额外奖励，公司有权根据自身的经营状况和规章制度来决定其发放条件和标准。例如，公司规定在法定节假日和公司统一安排的放假期间，员工不得请假，否则扣除全勤奖，只要该规定不违反法律法规的强制性规定，且员工在入职时已经知晓并同意，那么公司扣除全勤奖就有一定的合理性。
- 员工应对措施：员工在这种情况下，如果对公司的扣除行为有异议，可以先查看公司的规章制度，确认自己是否确实违反了相关规定。如果确认自己违反了规定，那么可以与公司进行沟通，了解扣除全勤奖的具体依据和计算方式。如果认为公司的扣除行为不合理，可以向公司的人力资源部门或者上级领导反映情况，寻求解决方案。
公司规章制度不合法或未履行民主程序和公示告知义务的情况
- 违法性分析：如果公司的全勤奖制度没有经过职工代表大会或者全体职工讨论，也没有与工会或者职工代表平等协商确定，或者没有将制度公示或告知劳动者，那么该制度对劳动者不具有约束力。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条规定，用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。也就是说，在这种情况下，公司不能依据其不合法的规章制度来扣除员工的全勤奖。
- 员工应对措施：员工可以要求公司返还被扣除的全勤奖。如果公司拒绝返还，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，并责令公司改正。员工也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请仲裁时，员工需要提供相关的证据，如工资条、请假记录、公司规章制度等，以证明公司扣除全勤奖的行为违法。