结论：辞职后公司是否可以扣除全勤奖，主要取决于劳动合同、公司规章制度或集体合同的约定，以及是否符合全勤的标准。一般情况下，如果员工在离职前未能满足全勤条件，公司扣除全勤奖是合理的；但如果员工符合全勤条件或合同中有特殊约定，公司则不应扣除。以下是对此问题的详细分析：
一、全勤奖的性质与发放条件
全勤奖是公司为鼓励员工按时出勤、满勤工作而设立的一种奖励制度。其发放通常与员工在整个工作周期内的出勤情况挂钩，即员工需要满足一定的出勤条件（如无迟到、早退、旷工等）才能获得全勤奖。
二、辞职后全勤奖的扣除情况
未满足全勤条件：
- 如果员工在提出离职申请到正式离职的当月未能出满勤，根据全勤奖的通常定义，员工通常无权获得该月的全勤奖。因为全勤奖的发放是基于员工在整个工作周期内的出勤表现，而辞职行为本身可能导致员工无法满足全勤条件。
满足全勤条件但公司扣除：
- 如果员工在离职前已经满足了全勤条件，但公司仍然扣除全勤奖，这可能涉及违法扣除工资的问题。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。全勤奖作为工资的一部分，同样受此保护。
- 在这种情况下，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的全勤奖及可能的赔偿金。
合同或制度中有特殊约定：
- 如果劳动合同、集体合同或公司规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件及离职时的处理方式，并且这些约定合法且明确，那么双方应遵守这些约定。例如，合同可能规定即使员工离职，只要符合全勤条件，就应支付全勤奖；或者规定离职时按出勤天数按比例获得全勤奖。
- 在这种情况下，公司是否扣除全勤奖应依据合同或制度中的约定执行。
三、法律建议与操作指南
查看合同与制度：
- 员工在离职前应仔细查看劳动合同、集体合同及公司规章制度中关于全勤奖的规定，了解自己的权益和义务。
与公司协商：
- 如果员工认为全勤奖被不合理扣除，首先应与公司进行友好协商，说明情况并争取合理解决。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规和合同条款来支持自己的观点。
法律维权：
- 如果协商不成，员工可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工需要提供相关证据来证明自己的全勤情况和公司的扣除行为。
四、特殊情况下的处理
- 如果员工的辞职行为给公司带来了实际的经济损失（如因未完成工作交接导致公司业务受损、客户流失等），并且劳动合同或公司规章制度中明确规定了在这种情况下可以扣除全勤奖作为赔偿的一部分，那么公司有权依据相关规定进行扣除。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
总结：辞职后公司是否可以扣除全勤奖取决于多种因素，包括员工是否满足全勤条件、合同或制度中的约定以及是否给公司造成经济损失等。员工在离职前应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。