遇到基本农田被种苗木的老板破坏的情况，您应当立即采取行动保护农田并追究相关责任，具体步骤如下：

1. 立即制止并收集证据：

   • 首先，尝试与破坏农田的苗木老板沟通，明确告知其行为违法，要求其立即停止破坏并恢复农田原状。
   • 同时，收集相关证据，包括现场照片、视频、破坏前后的对比资料，以及可能的目击者证言等，这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。

2. 向相关部门举报：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，任何单位和个人不得擅自占用基本农田发展林果业或者挖塘养鱼。因此，您可以向当地国土资源部门（现为自然资源部门）或农业农村部门举报该违法行为。
   • 举报时，提供详细的破坏情况说明和收集到的证据，要求相关部门及时调查处理，并恢复农田原状。

3. 考虑法律途径维权：

   • 如果相关部门未能及时有效处理，或者破坏行为持续发生，您可以考虑通过法律途径维权。
   • 可以向人民法院提起民事诉讼，要求苗木老板承担停止侵害、恢复原状、赔偿损失等民事责任。
   • 在诉讼过程中，确保提供充分的证据支持您的主张，并可能需要聘请专业律师协助处理诉讼事务。

4. 关注后续恢复与监管：

   • 在问题得到解决后，关注农田的恢复情况，确保农田能够重新用于农业生产。
   • 同时，加强与相关部门的沟通联系，了解农田保护政策动态，共同维护农田资源的安全和可持续利用。

在处理此类问题时，有几点需要特别注意：

• 及时性：发现农田被破坏后，应尽快采取行动，防止破坏行为进一步扩大。
• 证据收集：充分收集并保存好相关证据，这是后续维权的关键。
• 法律程序：在维权过程中，遵循法律程序，确保自身行为的合法性和有效性。

如果您在处理过程中遇到任何法律难题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细、专业的法律建议。