自家的永久基本农田遭到严重破坏，这无疑是一个严重的问题，需要您采取积极的措施来维护自己的权益。以下是一些具体的建议，希望能帮助您解决这个问题：

首先，您需要明确破坏行为的实施者，并尝试与其进行交涉，告知其停止违法破坏、损毁行为，并要求恢复农田原状。如果交涉无果，那么您可以采取以下措施：

一、向县级以上自然资源主管部门举报

根据《土地管理法》的规定，县级以上政府自然资源主管部门具有对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查的职责。因此，您可以向当地的自然资源主管部门进行举报，要求其进行监督处理。在举报时，请提供详细的破坏情况、破坏者的信息以及相关的证据材料，以便主管部门能够及时进行调查和处理。

如果基层的自然资源主管部门没有履行监督职责，或者您对处理结果不满意，您可以逐级向上反映，要求上级部门介入审查，并履行职责。

二、向乡镇政府、街道办事处反映情况

乡镇政府和街道办事处对查处、制止违法占地行为也负有法定职责。您可以向当地的乡镇政府或街道办事处反映情况，要求其依法履行查处、制止职责。他们应当组织相关部门进行调查，并采取必要的措施来制止破坏行为，保护您的合法权益。

三、寻求多部门联动协调机制的支持

根据相关政策文件，未来对损毁、破坏耕地行为的监管、查处将实现“多部门联动协调机制”。这意味着，除了自然资源主管部门外，农业农村、生态环境、水行政等有关部门也将参与耕地保护和监督管理工作。因此，您可以向这些部门寻求支持，共同制止破坏行为。

四、考虑法律途径维护权益

如果以上措施仍然无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。您可以咨询专业的律师，了解相关的法律程序和诉讼途径。在必要时，您可以向法院提起诉讼，要求破坏者承担相应的法律责任。

最后，我要提醒您的是，申请土地违法查处可能会面临一些困难和阻挠。但是，请您相信，只要您坚持维护自己的权益，积极寻求帮助和支持，一定能够制止破坏行为，保护您的永久基本农田。同时，也请您保持耐心和信心，相信政府和相关部门会依法履行职责，维护您的合法权益。