发现基本农田被毁，应立即采取以下措施保护权益并追究责任：

1. 固定证据
   立即对被毁农田的现状进行取证，包括但不限于：

   • 拍摄现场照片、视频（需体现时间、地点、农田原状与现状对比）；
     
   • 联系当地村委会或农业部门，要求出具书面证明材料；
     
   • 若有目击者，记录其联系方式及证言。
     法律依据：根据《民事诉讼法》第六十六条，证据需真实、合法且与案件关联，及时取证可避免关键信息灭失。

2. 向主管部门举报
   向县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源部门）或农业农村部门提交书面举报材料，要求：

   • 立案调查毁田行为；
     
   • 责令责任人限期恢复原状；
     
   • 依法追究行政责任（如罚款、没收违法所得）。
     法律依据：《土地管理法》第七十五条明确，破坏基本农田的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令改正或治理，可并处罚款。

3. 追究民事赔偿责任
   若毁田行为导致经济损失（如农作物减产、土地肥力下降），可向法院提起民事诉讼，要求责任人赔偿：

   • 直接损失（如已投入的种植成本）；
     
   • 间接损失（如预期收益，需通过评估鉴定确定金额）。
     法律依据：《民法典》第一千一百六十五条规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。

4. 涉及刑事犯罪的，推动立案侦查
   若毁田行为符合以下情形，可能构成犯罪：

   • 非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上；
     
   • 造成耕地大量毁坏（如土壤层严重破坏、无法复垦）。
     可向公安机关报案，要求以“非法占用农用地罪”立案侦查。
     法律依据：《刑法》第三百四十二条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

补充建议：

• 若毁田行为涉及政府征地程序，需核查是否取得省级以上人民政府批准文件，未依法审批的征地行为违法；
  
• 恢复原状过程中，可要求责任人按照农业农村部门制定的复垦方案执行，确保土地符合种植条件；
  
• 维权过程中注意保留所有沟通记录（如举报回执、诉讼材料），作为后续主张权益的依据。
  

如有进一步细节需要分析（如毁田主体、土地性质争议等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供针对性方案。