针对一般耕地上违建炭窑厂且已存在17年的情况，需结合法律程序、历史成因、现实影响综合处理，具体分以下步骤分析：

1. 确认违法性质：耕地保护红线不可突破

根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十七条，永久基本农田不得转为建设用地，一般耕地虽非基本农田，但未经批准擅自改变用途（如建厂）仍属违法。即使炭窑厂已存在17年，违法状态持续即构成违法，不存在“历史遗留问题”免责的情形。

2. 行政处理程序：限期拆除与恢复原状

• 调查取证：自然资源部门需通过现场勘查、卫星遥感、土地利用规划图比对等方式，确认炭窑厂是否占用耕地、占用面积及是否符合规划。
• 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，自然资源部门可作出《责令改正违法行为通知书》，要求限期拆除炭窑厂、恢复耕地种植条件，并可能处以罚款（按占用耕地面积每平方米100元至1000元计算）。
• 强制执行：若当事人拒不履行，自然资源部门可申请法院强制执行，法院裁定准予执行后，由地方政府组织拆除。

3. 历史成因考量：是否可减轻处罚？

若炭窑厂建于2004年《土地管理法》修订前，或当地曾存在“以租代征”等历史问题，可能影响处罚力度，但需满足以下条件：

• 炭窑厂建设时未违反当时有效的法律（如1998年《土地管理法》第四十四条允许乡镇企业使用集体土地）；
• 当事人能提供土地租赁合同、乡镇政府批准文件等证据；
• 当地政府曾默认或支持该建设行为（需书面文件佐证）。 但需注意：即使存在历史成因，若炭窑厂持续占用耕地且未补办手续，仍需拆除，仅可能免除部分罚款。

4. 现实影响评估：是否可补办手续？

若炭窑厂符合当地土地利用总体规划，且符合环保、安全等要求，可尝试补办用地手续，但需满足：

• 炭窑厂属于乡镇企业或农村集体经济组织自办企业；
• 占用耕地已通过“占补平衡”补足（即开垦同等数量和质量的耕地）；
• 缴纳土地出让金或租金，并办理农用地转用审批。 但需谨慎：补办手续需地方政府支持，且17年的违法状态可能成为补办障碍，成功率较低。

5. 当事人权利救济：行政复议或诉讼

若对处罚决定不服，当事人可在收到决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张：

• 处罚程序违法（如未听取陈述申辩、未送达文书）；
• 事实认定错误（如实际未占用耕地、占用面积不符）；
• 法律适用错误（如误将一般耕地认定为基本农田）。 但需注意：若事实清楚、程序合法，复议或诉讼难以推翻处罚决定。

6. 建议行动方案

• 立即停止生产：避免扩大违法后果（如继续占用耕地、污染环境）；
• 主动沟通：联系当地自然资源部门，说明历史成因及现实困难，争取从轻处理；
• 准备证据：收集土地租赁合同、建设审批文件、纳税记录等，证明炭窑厂对当地经济的贡献；
• 考虑转型：若拆除不可避免，可提前规划炭窑厂搬迁或转型为合法产业（如生态农业）。

总结：17年的违建炭窑厂需面临拆除与恢复耕地的法律后果，但可通过历史成因举证、补办手续尝试减轻处罚。建议当事人尽快咨询专业律师，制定具体应对策略，避免损失扩大。