结论：甲方要求乙方上交用人劳动合同是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，劳动合同是劳动者与用人单位双方各执一份，用人单位无权要求劳动者上交其持有的劳动合同原件，但特定情况下可能存在例外。
分析说明：
一般原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。这意味着，劳动合同是双方共同持有的文件，用人单位无权单独要求劳动者上交其持有的劳动合同原件。
特定情况下的例外：
- 劳动合同遗失或损坏：如果劳动者的劳动合同遗失或损坏，且需要用于办理相关手续（如社保、公积金等），用人单位可能要求劳动者提供劳动合同的复印件或协助重新签订劳动合同，但不应要求上交原件。
- 用人单位内部管理需要：在某些情况下，用人单位可能出于内部管理需要，要求劳动者提供劳动合同的复印件或电子版，以便存档或审核。但这种要求不应侵犯劳动者的合法权益，且应明确告知劳动者提供复印件或电子版的目的和用途。
- 法律程序或争议解决：在涉及法律程序或争议解决时，如劳动仲裁、诉讼等，相关机构可能要求提供劳动合同作为证据。此时，劳动者应根据法律程序的要求提供相应的证据材料，但这并不等同于用人单位可以要求劳动者上交劳动合同原件。
用人单位违法要求的后果：
- 如果用人单位违法要求劳动者上交劳动合同原件，劳动者有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
行动建议：
- 劳动者：如果遇到用人单位要求上交劳动合同原件的情况，应首先了解用人单位的具体要求和目的。如果认为用人单位的要求不合理或违法，可以拒绝提供，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位：应遵守相关法律法规的规定，尊重劳动者的合法权益。如果需要劳动合同用于内部管理或法律程序，应明确告知劳动者并提供合理的解释和说明，避免侵犯劳动者的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
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