结论：即使签了解除劳动合同协议且公司主体发生变更，只要存在符合法定条件的劳动争议，且在仲裁时效期间内，劳动者仍有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

分析说明：

1. 协议存在瑕疵：

   • 若劳动者在签订解除劳动合同协议时，对重要内容存在重大误解，或者协议内容对劳动者明显不公平，导致权利义务失衡，劳动者可以在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销协议并主张实际权益。
   • 若用人单位通过欺诈、胁迫或利用劳动者困境迫使其签订协议，劳动者同样有权在法定时效内申请仲裁，以维护自身权益。

2. 协议内容违法：

   • 若解除劳动合同协议中的条款违反了劳动法律法规的强制性规定，例如约定不缴纳社保等，这些条款将被视为无效。劳动者可以就无效条款涉及的权益问题申请仲裁。

3. 未履行协议：

   • 如果用人单位未按协议约定履行义务，如未支付经济补偿等，劳动者可以通过仲裁要求用人单位履行协议并支付相应款项。

4. 公司主体变更不影响仲裁权利：

   • 公司主体的变更，如公司合并、分立等，并不影响劳动者申请仲裁的权利。因为劳动争议是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系产生的，只要劳动关系存在且发生争议，劳动者就有权申请仲裁。新主体应继承原主体的权利和义务，包括处理与劳动者的劳动争议。

5. 仲裁时效：

   • 需要注意的是，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。劳动者应自权利被侵害之日起一年内申请仲裁，否则可能会因超出时效而丧失仲裁权利。当然，如果存在时效中断、中止的法定情形，如劳动者向有关部门请求权利救济、用人单位同意履行义务等，时效可以相应延长。

行动建议：

• 在申请仲裁前，建议劳动者先尝试通过协商或调解的方式解决争议，以节省时间和成本。
• 劳动者应了解自己的法律权益，确保在签订解除劳动合同协议时不受欺诈、胁迫，避免签订显失公平的协议。
• 如果劳动者决定申请仲裁，应准备好相关证据材料，如解除劳动合同协议、工资单、工作证等，以证明自己的主张。
• 劳动者可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

法律后果：

• 如果劳动者的仲裁请求得到支持，用人单位可能需要履行协议、支付经济补偿或赔偿金等。
• 如果劳动者的仲裁请求被驳回，可能是因为协议合法有效且已履行完毕、超出仲裁时效或证据不足等原因。此时，劳动者可以考虑通过其他途径解决争议，如提起诉讼等。

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