保护期内员工补偿金的计算需根据具体情形确定，主要分为以下两种情况：

1. 劳动合同期满终止时的经济补偿
   若劳动合同在医疗期、孕期、产期、哺乳期（“三期”）等法定保护期内到期，用人单位不得直接终止合同，而应顺延至保护期结束。此时若用人单位仍选择终止合同，需按《劳动合同法》第47条支付经济补偿：

   • 计算标准：按劳动者在本单位工作的年限，每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的按1年计算；不满6个月的支付半个月工资。
     
   • 工资基数：以劳动者终止合同前12个月的平均工资为准（含奖金、津贴等货币性收入，但不超过当地社平工资3倍）。
     
   • 特殊情形：若劳动者月工资高于当地社平工资3倍，补偿标准按社平工资3倍计算，且补偿年限最高不超过12年。

2. 违法解除劳动合同的赔偿金
   若用人单位在保护期内违法解除劳动合同（如未顺延合同期限直接辞退），劳动者可主张赔偿金，金额为经济补偿标准的2倍：

   • 计算方式：赔偿金=经济补偿×2（即工作年限×月工资×2）。
     
   • 示例：劳动者工作5年，月工资1万元，若用人单位违法解除，需支付赔偿金10万元（5×1×2）。

注意事项：

• 保护期具体包括医疗期、女职工“三期”、工伤停工留薪期等，需结合劳动者实际情况判断。
  
• 若用人单位未依法支付补偿或赔偿，劳动者可通过劳动仲裁主张权益，需注意1年仲裁时效。
  

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