结论：养殖场土地没有两年备案，但持有营业执照和动防证，并不直接等同于违建。是否构成违建需结合土地性质、规划用途、建设时间及当地政策等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、土地性质与规划用途
土地性质：首先需明确养殖场所占用的土地性质。若土地为农用地（如耕地、林地等），且未经依法批准擅自改变用途用于非农业建设（如养殖场），则可能涉嫌违法用地，进而可能影响建筑物的合法性。但若土地已依法转为建设用地，或属于允许用于养殖的设施农用地，则土地性质本身不构成违建的直接原因。
规划用途：即使土地性质符合要求，还需考虑该地块在当地土地利用总体规划或城乡规划中的用途。若养殖场建设与规划用途不符，如规划为住宅用地却用于养殖，则可能因违反规划而被认定为违建。
二、建设时间与备案情况
建设时间：养殖场的建设时间也是判断是否违建的重要因素。若养殖场建设于当地相关规划或政策出台之前，且一直合法经营，可能因历史原因而享有特殊待遇，不一定被直接认定为违建。但若建设于规划或政策出台之后，且未按规定办理相关手续，则违建风险增加。
备案情况：您提到养殖场没有两年备案，这可能指的是未按照当地规定进行养殖场备案或登记。虽然备案不是判断违建的唯一标准，但缺乏备案可能影响养殖场的合法性和享受相关政策支持的能力。然而，仅凭未备案这一点，并不能直接判定养殖场为违建。
三、营业执照与动防证的作用
营业执照：持有营业执照表明养殖场已依法进行工商注册，具备合法经营资格。这是养殖场合法性的重要证明之一，但并不直接决定建筑物的合法性。
动防证：动物防疫条件合格证是养殖场从事动物饲养、屠宰、经营等活动必须取得的证件。它证明了养殖场在动物防疫方面符合相关规定，但同样不直接决定建筑物的合法性。
四、当地政策与执法实践
当地政策：不同地区对养殖场的建设和管理可能有不同的政策规定。一些地区可能对养殖场的建设有更为宽松的政策，而另一些地区则可能更为严格。因此，在判断养殖场是否违建时，需充分考虑当地政策的具体要求。
执法实践：在实际执法过程中，相关部门会综合考虑多种因素来判断养殖场是否违建。即使养殖场存在某些不符合规定的情况，如未备案或土地性质与规划用途不完全一致，但若情节轻微且未造成严重后果，相关部门可能不会直接认定为违建并采取强制拆除等措施。
五、建议与措施
核实土地性质与规划用途：建议您首先核实养殖场所占用的土地性质及规划用途，确保符合相关规定。
补办相关手续：若养殖场存在未备案或手续不全的情况，建议您尽快补办相关手续，以完善养殖场的合法性。
咨询当地部门：由于不同地区对养殖场的管理政策可能存在差异，建议您咨询当地自然资源、农业农村等相关部门，了解具体政策要求及执法实践。
保留证据：在经营过程中，建议您保留好营业执照、动防证等相关证件及经营记录，以备不时之需。
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