结论：父亲出车祸后，公司是否扣请假期间的工资，需根据请假性质、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、请假性质与工资扣除
病假：
- 若父亲因车祸受伤需要治疗，向公司请的是病假，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 具体计算：假设当地最低工资标准为2000元/月，则病假工资不得低于1600元/月（2000元×80%）。若公司规章制度或劳动合同中有更高标准，则按更高标准执行。
事假：
- 若父亲因处理车祸相关事宜（如事故处理、保险理赔等）请的是事假，公司有权根据规章制度决定是否扣除工资。
- 常见做法：许多公司会扣除事假期间的工资，但具体扣除比例或方式需参照公司规章制度。若规章制度未明确规定，则公司应与员工协商确定。
二、公司规章制度与劳动合同
规章制度：
- 公司规章制度中应明确规定病假、事假等各类假期的工资支付标准。若规章制度合法有效且已向员工公示，则公司有权按照规章制度执行。
- 合法性审查：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），且内容不得违反法律法规强制性规定。
劳动合同：
- 劳动合同中应明确约定工资支付方式、假期工资等条款。若劳动合同中有关于病假、事假工资的特别约定，且该约定不违反法律法规强制性规定，则按劳动合同执行。
- 优先适用：若劳动合同与规章制度存在冲突，一般优先适用劳动合同约定。
三、法律法规与特殊情况
工伤保险：
- 若父亲因车祸受伤被认定为工伤，则根据《工伤保险条例》，员工在停工留薪期内享有原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期：一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可适当延长，但延长不得超过12个月。
特殊情况：
- 若父亲因车祸导致残疾或丧失劳动能力，且符合相关条件，可申请伤残津贴或一次性伤残补助金等工伤保险待遇。
- 若公司未依法缴纳工伤保险费，导致员工无法享受工伤保险待遇，则公司需承担相应赔偿责任。
四、建议与行动
与公司沟通：
- 建议父亲或家属与公司人力资源部门沟通，了解公司关于病假、事假工资的具体规定，并协商确定合理的工资支付方案。
收集证据：
- 保留好医院诊断证明、病假条、事故处理相关文件等证据材料，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 若与公司沟通无果或公司存在违法行为（如未依法支付工资、未缴纳工伤保险费等），可向我咨询或寻求其他法律帮助，以维护合法权益。
总结：父亲出车祸后，公司是否扣请假期间的工资需根据具体情况判断。建议先与公司沟通了解规章制度和劳动合同约定，并收集好相关证据材料。如有需要，可随时向我咨询以获取更专业的法律帮助。