结论：员工不肯配合导致公司败诉的赔偿问题，需根据具体情况分析，一般而言，公司败诉的赔偿责任并不直接转嫁至员工，但若员工行为构成故意或重大过失，且给公司造成损失，公司可依据内部规章制度或劳动合同向员工追偿。

分析：

1. 公司败诉的直接责任：

   • 在劳动仲裁或诉讼中，公司败诉通常意味着公司未能充分证明其主张，或违反了相关法律法规，需承担相应的法律责任。这种责任是公司作为法律主体应承担的，与员工是否配合无直接关联（除非员工行为构成公司败诉的直接原因，且该行为超出正常工作范围）。

2. 员工不配合的法律后果：

   • 员工不配合公司工作，可能构成违反公司规章制度或劳动合同的行为。但单纯的不配合，并不直接导致公司对外败诉的法律责任。
   • 若员工的不配合行为（如故意隐瞒证据、提供虚假信息等）直接导致公司败诉，且该行为构成故意或重大过失，公司可依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，向员工主张赔偿责任。

3. 公司向员工追偿的条件：

   • 存在损失：公司需证明因员工的不配合行为导致了实际的经济损失。
   • 员工过错：公司需证明员工的不配合行为构成故意或重大过失。
   • 因果关系：公司需证明员工的不配合行为与公司败诉及损失之间存在直接的因果关系。
   • 内部规定或合同约定：公司需依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，明确员工在不配合情况下的赔偿责任。

4. 追偿的途径与限制：

   • 内部处理：公司可先依据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。
   • 法律诉讼：若内部处理无法解决问题，公司可向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求员工赔偿损失。但需注意，诉讼成本较高，且需充分证明上述追偿条件。
   • 赔偿限额：即使公司胜诉，员工的赔偿责任也可能受到法律或合同约定的限制，如赔偿金额不得超过员工月工资的一定比例等。

建议：

• 完善内部制度：公司应制定完善的规章制度和劳动合同，明确员工在不配合情况下的赔偿责任及追偿程序。
• 加强证据收集：在劳动仲裁或诉讼中，公司应充分收集证据，证明员工的不配合行为与公司败诉及损失之间的因果关系。
• 合理追偿：在追偿过程中，公司应考虑员工的实际承受能力，避免过度追偿导致员工生活困难，引发新的法律纠纷。

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