结论：工人是否可以起诉甲方，取决于工人与甲方之间的法律关系以及具体的纠纷内容。在仅知道“甲方款全付，只剩下保证金”这一信息的情况下，无法直接判断工人能否起诉甲方，需要分情况讨论。

分析：

1. 工人与甲方的直接法律关系：

   • 如果工人是直接受雇于甲方，那么工人与甲方之间存在直接的劳动关系或雇佣关系。在这种情况下，如果工人认为甲方存在拖欠工资、未支付加班费、违反劳动法规定等违法行为，工人有权直接起诉甲方，要求甲方承担相应的法律责任。
   • 但若甲方已经按照合同约定支付了全部款项（包括工资等），仅剩下保证金未退还，且保证金退还与工人无直接关联（如保证金是甲方与第三方之间的约定），则工人通常不能仅因保证金问题起诉甲方。

2. 工人与甲方的间接法律关系：

   • 如果工人是通过第三方（如承包商、分包商等）与甲方产生间接联系，且纠纷涉及的是第三方与甲方之间的合同关系（如工程款支付、保证金退还等），那么工人通常不能直接起诉甲方。在这种情况下，工人可能需要先向第三方主张权利，由第三方再根据其与甲方之间的合同关系进行追偿。
   • 然而，如果工人能够证明甲方直接参与了对其权益的侵害（如甲方直接指示第三方拖欠工人工资），或者甲方与第三方之间的合同关系对工人权益产生了直接影响（如甲方与第三方约定将工人工资作为保证金的一部分），则工人可能有权在特定情况下起诉甲方。

3. 保证金的具体性质与用途：

   • 保证金通常是为了确保合同履行而由一方支付给另一方的款项。如果保证金与工人无直接关联（如用于确保工程质量、工期等），则工人通常不能因保证金问题起诉甲方。
   • 如果保证金中包含了工人的工资或福利等款项，且甲方未按照约定退还保证金导致工人权益受损，则工人可能有权起诉甲方要求退还保证金中属于其的部分。

建议：

• 对于工人而言，首先应明确自己与甲方之间的法律关系以及纠纷的具体内容。
• 如果认为自己的权益受到侵害，应收集相关证据（如合同、工资单、工作记录等）以支持自己的主张。
• 在必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我，丁艾东律师，专注于公司事务、合同违约责任等领域），以了解自己的权利和义务以及可能的法律途径。

后续行动：

• 如果工人决定起诉甲方，应准备充分的证据材料，并按照法律程序向法院提起诉讼。
• 在诉讼过程中，工人应积极配合法院的调查和审理工作，以维护自己的合法权益。