结论：在工程款纠纷中，若合同约定甲方承担工程款保全费且乙方败诉，乙方通常需承担保全费及诉讼费等费用，但具体责任分配需依据合同条款和法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同约定优先原则
合同条款的效力
若双方签订的《建设工程施工合同》或补充协议中明确约定“甲方承担工程款保全费”，该条款属于双方真实意思表示，不违反法律强制性规定，应认定为有效。乙方败诉时，保全费通常由乙方承担，但若合同明确约定由甲方承担，则甲方需履行约定。
例外情形
若合同条款存在歧义（如“保全费由甲方承担”未明确是“申请方”还是“败诉方”），可能引发争议。此时需结合合同目的、交易习惯及诚实信用原则解释条款。例如，若合同整体约定“诉讼费用由败诉方承担”，则保全费作为诉讼费用的一部分，应由乙方承担。
二、法律规定与司法实践
诉讼费用承担规则
根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条，诉讼费用由败诉方负担。保全费属于诉讼费用范畴，因此乙方败诉时原则上需承担保全费。但若合同明确约定由甲方承担，且该约定不违反法律，则以合同约定为准。
保全费的性质
保全费是当事人为防止判决难以执行或财产转移而申请法院采取保全措施的费用，属于诉讼成本的一部分。司法实践中，法院通常根据“谁申请、谁预交，谁败诉、谁负担”的原则处理保全费。
三、乙方败诉后的法律后果
保全费的直接承担
乙方败诉后，法院会在判决书中明确保全费的承担方。若合同无特殊约定，乙方需向法院缴纳保全费，或从已预交的款项中扣除。
其他费用的连带责任
乙方败诉可能还需承担诉讼费、律师费（如合同约定）、鉴定费等费用。若甲方因保全错误遭受损失（如保全标的错误导致甲方财产损失），乙方还需承担赔偿责任。
四、实务建议
审查合同条款
乙方应仔细审查合同中关于费用承担的条款，尤其是“诉讼费用”“保全费”“律师费”等关键词的约定。若条款模糊，可要求甲方出具书面说明或签订补充协议。
证据固定与抗辩
若乙方认为不应承担保全费，需在诉讼中提出抗辩理由，例如：
协商与调解
诉讼前或诉讼中，乙方可与甲方协商费用分担方案，或通过法院调解降低损失。例如，双方可约定按比例分担保全费，或以工程款折扣方式抵销。
总结：乙方败诉时，保全费的承担需以合同约定为首要依据，无约定时适用法律规定由败诉方承担。建议乙方在签订合同时明确费用条款，并在诉讼中积极主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询工程款纠纷相关问题。