关于车主与运输公司的挂靠协议约定无关合法性的问题，结论前置如下：

1. 若挂靠协议内容合法、双方意思表示真实且不违反法律法规强制性规定，则协议有效。
2. 若挂靠协议存在违反法律法规强制性规定、损害社会公共利益或存在欺诈、胁迫等情形，则协议可能无效或可撤销。

详细分析：

协议有效的情形

1. 合同主体资格合法：

   • 运输公司必须为依法注册登记并持有相应运输经营许可证的民事主体。
   • 车主需为具有完全民事行为能力的自然人，能够独立承担民事责任。

2. 意思表示真实：

   • 挂靠协议应基于双方真实意愿签订，不存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形。例如，运输公司未隐瞒运输经营资质问题，车主也未因受到欺诈或胁迫而签订协议。

3. 合同内容合法：

   • 挂靠协议的内容不得违反法律、行政法规的效力性强制性规定。虽然货车挂靠行为本身可能涉及规避行政许可的问题，但并不必然导致合同无效。关键在于合同内容是否合法，如是否涉及非法运输、逃税、损害国家利益等情形。
   • 协议应明确双方的权利和义务，如挂靠期限、费用支付、车辆运营管理等，并符合行业管理规定。

4. 不损害社会公共利益：

   • 挂靠协议的履行不应危害社会公共安全、交通秩序等公共利益。例如，运输公司应确保挂靠车辆符合安全标准，定期进行安全检测和维护。

协议无效或可撤销的情形

1. 违反法律法规强制性规定：

   • 若挂靠协议违反法律、行政法规的效力性强制性规定，如以挂靠形式从事道路运输经营活动但缺乏相应资质，则协议可能被视为无效。

2. 损害社会公共利益：

   • 若挂靠协议的履行损害社会公共利益，如导致安全隐患车辆上路，则协议可能因损害公共利益而被认定无效。

3. 存在欺诈、胁迫等情形：

   • 若车主在签订挂靠协议时受到欺诈或胁迫，导致意思表示不真实，则车主有权请求法院或仲裁机构撤销协议。

法律建议：

1. 签订合法协议：

   • 车主与运输公司在签订挂靠协议时，应确保协议内容合法、明确，双方权益得到充分保障。建议咨询专业律师进行协议审核和制定，以避免潜在的法律风险。

2. 遵守法律法规：

   • 双方应严格遵守相关法律法规，包括行政许可法、税收征收管理法、安全生产法等，确保挂靠行为的合法性。特别是运输公司，应确保具备相应的运输经营资质，并依法如实申报纳税。

3. 加强管理与监督：

   • 运输公司应加强对挂靠车辆的管理和监督，确保车辆符合国家标准和安全性能要求。同时，监督车主遵守交通法规和运营管理规定，防止因管理不善导致法律责任。

4. 定期审查与评估：

   • 双方应定期对挂靠行为进行审查和评估，及时发现并解决潜在的法律风险和安全隐患。例如，定期检查车辆的安全性能、审查协议的履行情况等。

可能法律后果：

• 若挂靠协议被认定无效或可撤销，双方可能面临返还财产、赔偿损失等法律责任。特别是运输公司，若因挂靠车辆发生交通事故并造成损害，且属于机动车一方责任的，将与车主承担连带责任。

• 若挂靠行为违反行政许可法或税收征收管理法等法律法规，双方还可能面临行政处罚或刑事责任等法律后果。

总结：车主与运输公司的挂靠协议约定无关合法性取决于多个因素的综合考量。在签订协议时，双方应确保协议内容合法、明确，并严格遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。