结论：挂靠车辆未经车主同意被运输公司抵押的，抵押合同一般无效。但具体还需根据实际情况，结合相关法律规定进行综合判断。

分析说明：

1. 抵押合同的生效要件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押合同的生效需要满足双方意思表示真实、合同内容合法、不违反法律强制性规定等条件。在车辆抵押的情况下，通常还需要办理抵押登记手续，但抵押登记并非抵押合同的生效要件，而是对抗要件。
   • 关键在于，抵押人（在此为运输公司）是否对抵押物（挂靠车辆）拥有合法的处分权。若运输公司未经车主同意擅自抵押车辆，则可能构成无权处分。

2. 无权处分与抵押合同效力：

   • 若运输公司未经车主同意，擅自将挂靠车辆进行抵押，这属于无权处分行为。根据法律规定，无权处分人订立的合同，在未经权利人追认或者无处分权人订立合同后取得处分权的情况下，该合同对权利人不发生效力。
   • 在此情况下，车主作为车辆的实际所有权人，有权拒绝承认该抵押合同的效力。若车主未追认，且运输公司也未在事后取得车辆的处分权，则该抵押合同对车主不产生法律效力。

3. 特殊情况考虑：

   • 尽管一般情况下未经车主同意的抵押合同无效，但也存在特殊情况。例如，如果运输公司能够证明车主对其抵押行为是明知且默许的，或者存在表见代理等情形，那么抵押合同可能被认定为有效。但这种情况需要运输公司提供充分的证据来支持其主张。
   • 另外，如果车主与运输公司之间存在挂靠协议，且协议中明确约定了运输公司有权对车辆进行抵押等处分行为，那么在该协议合法有效的情况下，运输公司的抵押行为可能被视为有权处分，抵押合同也可能因此有效。但这种情况同样需要具体分析协议内容及相关法律规定。

法律建议：

• 对于车主而言，如果发现自己的挂靠车辆被运输公司未经同意擅自抵押，应立即与运输公司沟通并要求解除抵押合同。若沟通无果，车主可以向法院提起诉讼，要求确认抵押合同无效并恢复车辆的原状。
• 对于运输公司而言，应严格遵守法律法规及与车主的约定，未经车主同意不得擅自处分挂靠车辆。若因特殊情况需要抵押车辆，应事先与车主协商并取得其明确同意，同时办理好相关的抵押登记手续。

后续行动指导：

• 车主在发现车辆被擅自抵押后，应尽快收集相关证据（如挂靠协议、车辆行驶证、抵押合同等），以便在需要时向法院提供证明。
• 若车主决定通过法律途径解决纠纷，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

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