自然人挂靠汽车运输公司合同的效力并非一成不变，而是需根据合同的具体内容、双方当事人的真实意图以及是否违反法律法规的强制性规定等多方面因素来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同有效的情形
主体合格且意思表示真实：
- 合同双方，即自然人和汽车运输公司，必须具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。
- 合同必须是双方基于平等、自愿的原则，对挂靠事项、权利义务等内容达成一致的真实意思表示。例如，自然人为了合法从事货物运输，与具有资质的汽车运输公司自愿签订挂靠合同，明确各项条款，这体现了双方的真实意愿。
内容合法且形式合法：
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，特别是关于交通运输方面的法规，且不得违背公序良俗。虽然《道路运输条例》对运输经营许可有所规定，但这多为管理性强制性规定，违反并不必然导致合同无效，除非违反了效力性强制性规定，如以挂靠形式从事道路运输经营活动但缺乏相应资质，且该资质为法律、行政法规所明确要求的必备条件。
- 虽然一般的车辆挂靠合同不需要特别的法定形式，但如果法律或行政法规有特别规定，如要求书面形式或公证等，则必须遵守，否则可能影响合同的效力。
二、合同无效的情形
违反法律法规效力性强制性规定：
- 如果合同内容或目的违反了法律的效力性强制性规定，如为了实施违法犯罪活动而签订的挂靠合同，或者自然人通过挂靠形式从事道路运输经营活动但完全缺乏相应资质，且该资质为法律、行政法规所明确规定的从事该类经营活动的必备条件，那么该合同将因违法而无效。
存在欺诈、胁迫等可撤销情形且被撤销：
- 若一方以欺诈、胁迫手段订立合同，或双方恶意串通损害国家、集体或第三人利益，或以合法形式掩盖非法目的，合同可能被认定无效。例如，汽车运输公司隐瞒其资质问题或运营风险，导致自然人在不知情的情况下签订挂靠合同，该合同可能因欺诈而被撤销。
损害社会公共利益：
- 如果挂靠车辆的运营对社会公共利益构成威胁，如存在严重安全隐患或汽车运输公司不履行管理义务，导致大量不符合安全标准的车辆上路行驶，合同可能因损害公共利益而被认定无效。
三、特殊情形下的效力认定
- 部分条款有效：在某些特殊情形下，挂靠合同中的部分条款可能会被单独认定为有效。这主要取决于合同条款内容是否涉及违反资质管理等强制性规定。如果挂靠合同中关于费用结算、违约责任等条款不涉及违反资质管理等强制性规定，这部分条款在双方当事人之间可能会被认定为有效。
四、建议与总结
- 签订合同前谨慎审查：自然人在与汽车运输公司签订挂靠合同前，应仔细审查公司的资质和运营状况，确保合同内容的合法性和真实性。
- 咨询专业律师：由于挂靠合同的效力问题涉及复杂的法律判断，建议在签订合同前咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
- 综合判断合同效力：在具体案件中，应结合合同内容、双方真实意思表示及是否涉及第三方利益等因素进行综合判断合同的效力。
综上所述，自然人挂靠汽车运输公司合同的效力需根据具体情况和法律规定来判断。如果你有具体的合同内容或案件情况，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律分析和建议。