结论：在农村土地上建养殖场后，发包方一般不能再将该土地登记在农村土地承包经营权证上，但存在特殊情况。以下为具体分析：
- 正常承包经营权登记与养殖场建设的关系
- 农村土地承包经营权证是对承包方依法享有农村土地承包经营权的一种法律凭证。当发包方将土地发包给承包方后，承包方依法取得土地承包经营权，此时应将承包方登记在农村土地承包经营权证上，以明确权利归属。
- 如果承包方在承包的土地上建设养殖场，这是承包方对承包土地的合理利用方式之一，只要符合相关法律法规和土地用途管制要求（例如，经过合法的审批手续，不改变土地的农业用途性质等），并不影响承包方已经取得的土地承包经营权。在这种情况下，发包方无权再将该土地登记在自己的农村土地承包经营权证上，因为土地的实际承包经营权已经归属于承包方。
- 特殊情况分析
- 违法建设养殖场导致承包经营权变动：如果承包方在建设养殖场的过程中存在违法行为，例如未经批准擅自改变土地用途（将耕地变为建设用地用于建设养殖场，且未办理相应的农用地转用审批手续）、违反土地利用总体规划等，相关部门可能会依法责令拆除养殖场、恢复土地原状，甚至可能收回土地承包经营权。在这种情况下，如果土地承包经营权被收回，发包方有可能重新取得对该土地的相关权利，进而可能涉及登记在农村土地承包经营权证上的问题，但这也是基于合法的收回程序之后。
- 承包合同约定与登记问题：如果发包方与承包方在承包合同中有特殊约定，例如约定在特定条件下（如承包方未按约定用途使用土地等）发包方有权收回土地并重新登记承包经营权，且该约定不违反法律法规的强制性规定。当约定的条件成就时，发包方可能依据合同约定收回土地并进行相应的登记。但这种约定必须严格遵循法律规定，不能损害国家、集体和他人的合法权益。