结论：承包村里荒地建的养殖场能否办证、是否合法，需分情况讨论，关键取决于土地性质、审批程序及用途合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 土地性质是核心前提

根据《土地管理法》及《农村土地承包法》，农村土地分为农用地（如耕地、林地）、建设用地（如宅基地、集体经营性建设用地）和未利用地（如荒地、滩涂）。

• 若荒地属于“未利用地”：
  根据《土地管理法》第44条，未利用地转为建设用地需经省级政府或国务院批准。若您承包的荒地未改变土地用途（仍用于农业养殖），且符合当地土地利用总体规划，通常可直接用于养殖场建设，但需办理设施农用地备案手续（向乡镇政府申请，县级自然资源部门备案）。
  
• 若荒地被规划为“农用地”：
  若荒地实际属于耕地、林地等农用地，直接建养殖场可能涉及“非农化”问题，需先办理农用地转用审批手续（难度较大，通常需符合国家重大项目或乡村振兴政策）。未经审批擅自建设，可能面临拆除、罚款等风险。

2. 审批程序是合法性的关键

即使土地性质允许，也需完成以下程序：

• 承包合同合法性：需与村委会签订书面承包合同，明确土地用途、期限、权利义务等条款，并报乡镇政府备案。
  
• 设施农用地备案：根据自然资源部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》，养殖场属于设施农用地，需向乡镇政府提交用地协议、用地平面图等材料，经县级自然资源部门备案后使用。
  
• 环保审批：若养殖场规模较大（如存栏量超过一定标准），需办理环境影响评价手续（环评报告表或登记表），确保符合环保要求。
  
• 其他许可：根据地方规定，可能还需办理动物防疫条件合格证、排污许可证等。

3. 用途合规性决定长期稳定性

即使办证完成，若养殖场存在以下行为，仍可能被认定为违法：

• 改变土地用途：如将养殖场改为住宅、工厂等非农业用途；
  
• 污染环境：未建设粪污处理设施，导致土壤、水源污染；
  
• 违反规划：未按照备案的用地范围、建设规模施工。

4. 实务建议

1. 核实土地性质：向村委会或乡镇自然资源所查询土地规划用途，确认是否允许建设养殖场；
   
2. 完善审批手续：按流程办理设施农用地备案、环保审批等，保留书面材料；
   
3. 签订详细合同：在承包合同中明确“土地用途为养殖”“政府征收时补偿分配”等条款，避免纠纷；
   
4. 关注政策变化：部分地区对养殖场有禁养区、限养区规定，需提前了解。

总结：承包荒地建养殖场能否合法办证，需结合土地性质、审批程序和用途合规性综合判断。建议先核实土地规划，再按流程办理手续，确保全程合法。若有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。