1997年镇政府批准的农村养殖用地能否办理土地经营权证确权，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若土地性质为“合法承包地”且符合确权条件

根据《农村土地承包法》及《农村土地经营权流转管理办法》，土地经营权证确权的基础是土地承包经营权。若1997年镇政府批准的养殖用地属于村集体发包的承包地（如通过家庭承包或招标、拍卖、公开协商等方式取得），且当前仍由原承包户或通过合法流转取得经营权的主体使用，可办理经营权证确权。
关键点：

• 需提供1997年镇政府批准文件、承包合同（如有）、土地权属证明等材料；
  
• 土地未被征收、未转为建设用地，且符合当地农业用地规划；
  
• 需通过村集体、乡镇政府审核，并完成地籍调查、公示等程序。

2. 若土地性质为“临时用地”或“未纳入承包地管理”

若1997年镇政府批准的养殖用地属于临时用地（如短期用于养殖设施建设），或未通过村集体发包程序（如直接与镇政府签订协议），则可能不符合经营权证确权条件。
原因：

• 经营权证确权对象是“承包地”，临时用地或未纳入承包管理的土地不属于法定确权范围；
  
• 此类土地可能涉及规划调整、生态保护等限制，需先通过土地性质变更程序（如转为承包地或永久基本农田）。

3. 历史遗留问题的处理建议

若土地因历史原因（如早期政策模糊、权属争议）导致确权困难，可按以下步骤解决：

• 核查批准文件合法性：确认1997年镇政府批准是否符合当时土地管理法规（如《土地管理法》1988年修订版）；
  
• 补办承包手续：若土地本应纳入承包但未办理，可与村集体协商补签承包合同；
  
• 申请行政复议或诉讼：若镇政府批准行为被认定违法，可通过法律途径主张权益。

总结：能否确权取决于土地性质、批准程序合法性及当前使用状态。建议携带1997年批准文件、土地现状证明等材料，向当地农业农村局或自然资源局咨询具体流程。如有争议，可进一步向我提供细节，我会结合地方政策为您分析。