员工档案被单位借用后长期未归还，可通过以下步骤要求归还：

1. 友好沟通与书面催告
   首先建议与单位人事部门或直接负责人进行友好沟通，明确说明档案借用期限已过，要求尽快归还。若口头沟通无果，可发送书面催告函（如邮件、信函），注明借用日期、约定归还期限及未归还可能引发的法律后果（如影响员工权益、单位承担管理责任等），并保留送达证据。

2. 依据内部制度主张权利
   检查单位《员工手册》《档案管理制度》等内部文件，若规定档案借用需登记、限期归还或超期处理流程，可据此要求单位履行义务。例如，若制度明确“借用档案超过30日未归还，视为违规”，可要求单位按制度处理并归还档案。

3. 向劳动监察部门投诉
   若单位拒不归还且无合理理由，可向当地劳动保障监察大队投诉，主张单位侵犯员工对个人档案的知情权、使用权。根据《企业职工档案管理工作规定》第18条，企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退等，应由职工所在单位在1个月内将其档案转交其新的工作单位或其户口所在地的街道劳动（组织人事）部门。单位长期扣留档案可能涉嫌违法，劳动监察部门可介入调查并责令整改。

4. 申请劳动仲裁或诉讼（极端情况）
   若档案未归还导致员工无法办理社保转移、入职新单位等实际损失（如错失工作机会、无法享受社保待遇），可申请劳动仲裁，要求单位赔偿损失并归还档案。仲裁或诉讼中需提供证据证明损失与档案未归还的因果关系（如新单位录用通知、社保部门出具的无法办理证明等）。

关键提醒：

• 档案涉及员工重要权益（如工龄认定、退休手续），务必保留借用记录（如借条、登记表）、沟通记录等证据。
  
• 若单位以“档案有瑕疵需整改”等理由拖延，可要求单位出具书面说明并明确整改期限，避免口头推诿。
  

如有具体细节需进一步分析（如单位类型、档案内容、借用原因等），可直接向我咨询。