结论：针对您提出的问题，儿子非法集资被判刑且资金用于家族企业，其父亲在借条上签名担保的情况，不能直接对父亲进行刑事起诉，但父亲可能需承担相应的民事责任。以下从刑事和民事两个角度进行详细分析：
刑事角度
非法集资的刑事责任：
- 非法集资通常涉及非法吸收公众存款罪或集资诈骗罪等刑事犯罪。这些罪名的主体一般是直接实施非法集资行为的人，即您的儿子。
- 除非有证据表明父亲也直接参与了非法集资的策划、实施或管理，否则父亲通常不会被视为非法集资的共犯，因此不会承担刑事责任。
担保行为的刑事性质：
- 担保行为本身是一种民事法律行为，旨在保障债权的实现。在正常情况下，担保人不会因提供担保而承担刑事责任。
- 除非担保行为本身构成犯罪（如伪造文件、欺诈等），但这种情况与非法集资的刑事责任是分开的，且需要具体的证据来支持。
民事角度
担保责任：
- 如果父亲在借条上签名担保，且该担保行为符合法律规定的要件（如双方意思表示真实、不违反法律法规等），则父亲需要承担相应的担保责任。
- 这意味着，如果儿子无法偿还债务，债权人有权要求父亲按照担保合同的约定履行还款义务。
家族企业与个人财产的区分：
- 即使资金用于家族企业，这并不改变担保行为的民事性质。父亲作为担保人，其责任是基于担保合同而产生的，与资金的具体用途无关。
- 如果家族企业是独立的法人实体，且父亲作为担保人是以个人名义进行的，那么家族企业的财产通常不会被直接用于偿还儿子的债务，除非有特别的约定或法律情形（如财产混同）。
建议与后续行动
审查担保合同：
- 仔细审查父亲签署的担保合同，了解担保的具体条款和责任范围。
- 如果可能，咨询专业律师以获取更详细的法律意见和解释。
评估家族企业财务状况：
- 了解家族企业的财务状况和偿债能力，以便在必要时采取适当的措施来保护家族企业的利益。
考虑民事诉讼风险：
- 如果债权人决定对父亲提起民事诉讼要求履行担保责任，父亲应积极应诉并寻求法律援助。
加强法律意识：
- 在未来的商业活动中，加强法律意识，确保所有交易和合同都符合法律法规的要求，以降低法律风险。
最后，如果您或您的家人在此类问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我专注于刑事辩护、经济犯罪等领域，能够为您提供专业的法律意见和帮助。