非法载客运营主要由交通运输管理部门进行管理。以下是对这一问题的详细分析：

1. 管理部门的确定：

   • 非法载客运营，通常指的是未取得合法运营资质而擅自从事客运经营活动的行为。这种行为违反了交通运输管理的相关法律法规，因此，交通运输管理部门是其主要的管理和执法机构。

2. 交通运输管理部门的职责：

   • 交通运输管理部门负责监管道路运输市场，确保运输活动的合法性和安全性。对于非法载客运营行为，交通运输管理部门有权进行查处，包括扣留非法运营车辆、罚款、甚至吊销相关证件等。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未经许可擅自从事道路运输经营活动的，属于违法行为。交通运输管理部门有权依据这些法律法规对非法载客运营行为进行处罚。

4. 实际执法中的情况：

   • 在实际执法过程中，交通运输管理部门通常会与公安部门等联合执法，共同打击非法载客运营行为。这有助于增强执法力度，提高执法效率，确保道路运输市场的秩序和安全。

5. 对非法载客运营的防范和打击：

   • 除了交通运输管理部门的执法外，社会各界也应积极参与防范和打击非法载客运营行为。例如，乘客应选择合法运营的车辆出行，避免乘坐非法运营车辆；同时，对于发现的非法载客运营行为，应及时向交通运输管理部门举报。

建议：

• 如果您遇到了非法载客运营的情况，或者对非法载客运营行为有相关的疑问或投诉，可以直接向当地的交通运输管理部门反映。
• 作为乘客，在选择出行方式时，请务必选择合法运营的车辆，以确保自身的安全和权益。

如果您在交通运输领域还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供专业的解答。