摩托车非法运营主要由交通运输管理部门进行管理。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 管理部门职责：

   • 交通运输管理部门是负责道路运输市场监管的主要机构，它们负责查处非法运营行为，包括摩托车的非法载客、拉货等。这些部门通常具有执法权，可以对非法运营者进行处罚，如罚款、扣留车辆等。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未经许可擅自从事道路运输经营活动的，属于非法运营行为。摩托车作为道路运输工具之一，其非法运营行为同样受到这些法律法规的约束。

3. 管理流程：

   • 当交通运输管理部门发现摩托车非法运营行为时，通常会进行调查取证，确认违法事实后，会依法对非法运营者进行处罚。处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、扣留或吊销驾驶证、扣留或没收车辆等。

4. 跨部门协作：

   • 在某些情况下，摩托车非法运营行为可能涉及多个部门的管理职责。例如，如果非法运营行为同时违反了交通管理规定（如超速、闯红灯等），则交警部门也可能参与处理。此外，如果非法运营行为涉及治安问题（如敲诈勒索、暴力抗法等），则公安机关也可能介入调查。

5. 公众参与与举报：

   • 公众在发现摩托车非法运营行为时，可以向交通运输管理部门或相关执法机构进行举报。举报时，应提供尽可能详细的信息，如非法运营的时间、地点、车辆特征等，以便执法机构及时查处。

建议与提醒：

• 对于摩托车车主和驾驶员来说，应严格遵守相关法律法规，不要从事非法运营行为。非法运营不仅可能面临法律处罚，还可能对自身和他人的安全造成威胁。
• 如果您发现身边有摩托车非法运营行为，或者您自己遭遇了非法运营的侵害，请及时向交通运输管理部门或相关执法机构举报，以维护自身权益和公共安全。

如有任何关于交通运输领域的法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询，我会尽力为您提供专业、全面的解答。