摩托车非法营运主要由交通运输部门负责管理。以下从不同角度为您详细分析：
一、管理部门的职责划分
交通运输部门：
- 交通运输部门是摩托车非法营运行为的主要管理部门。根据《广州市非机动车和摩托车管理规定》等相关法规，利用摩托车从事经营性客运或者货运活动的，由交通行政管理部门（即交通运输部门）责令停止经营，并处以罚款。
- 交通运输部门负责查处摩托车非法营运行为，包括立案查处、建立“黑点”清单、科学部署执法力量等，以严厉打击该类违规行为。
公安部门：
- 公安部门在摩托车非法营运管理中也扮演着重要角色。虽然其主要职责是维护社会治安和交通秩序，但在查处摩托车非法营运时，公安部门会配合交通运输部门，对涉及的无牌无证、逆行、闯红灯等交通违法行为进行查处。
- 例如，在联合执法行动中，公安交管部门会查处不戴头盔、逆行等违法违规行为，并查扣乱停放及无牌电动车。
其他相关部门：
- 除了交通运输部门和公安部门外，城市管理部门、街道等属地职能部门也可能参与摩托车非法营运的管理。这些部门会根据各自的职责，在联合执法行动中发挥相应的作用。
二、管理依据与处罚措施
- 管理依据：摩托车非法营运的管理主要依据地方性法规，如《广州市非机动车和摩托车管理规定》等。这些法规明确了摩托车非法营运的定义、处罚措施以及管理部门的职责。
- 处罚措施：对于摩托车非法营运行为，交通运输部门会责令停止经营，并处以二千元以上一万元以下的罚款。同时，公安部门也会对涉及的交通违法行为进行相应的处罚。
三、实际案例与联合执法
- 实际案例：以广州市为例，市交通运输局执法部门联合公安、街道等属地职能部门开展了多次整治行动，严厉打击摩托车非法营运行为。截至某时间点，共立案查处摩电违规营运数百宗。
- 联合执法：在实际管理中，各部门会依托常态化联动机制，每周开展全市摩电整治统一行动。各部门依职责查处摩电违法违规行为，形成合力，共同维护城市交通秩序。
四、法律建议与风险提示
- 法律建议：作为摩托车驾驶员，应严格遵守相关法律法规，不得从事非法营运行为。同时，也应了解并遵守交通规则，确保自身和他人的安全。
- 风险提示：摩托车非法营运车辆未购买营运保险，驾驶员不具备营运资质，事故后赔偿困难。且时常伴有闯红灯、逆行、超速等危险行为，极易发生交通事故。因此，广大市民应自觉抵制乘坐摩电违规营运车辆，为了自身安全选择合法营运车辆。
总结来看，摩托车非法营运主要由交通运输部门负责管理，同时公安部门和其他相关部门也会根据各自的职责参与管理。在实际管理中，各部门会依托常态化联动机制，共同打击摩托车非法营运行为。如果您有任何关于交通运输领域的法律问题，都可以直接向我咨询。