道路客运非法经营主要由交通运输管理部门负责查处。以下是对此问题的详细分析：

1. 交通运输管理部门的职责：

   • 交通运输管理部门是负责道路运输市场监管的主要机构，其职责包括维护道路运输市场秩序，保障道路运输安全，以及查处非法经营行为。
   • 对于道路客运非法经营，如未经许可擅自从事道路客运经营、超越许可范围经营等行为，交通运输管理部门有权进行查处，并依法给予行政处罚。

2. 非法经营行为的认定：

   • 非法经营行为通常指的是未经许可或超越许可范围从事经营活动，违反了相关法律法规的规定。
   • 在道路客运领域，非法经营行为可能包括无证经营、超范围经营、使用非法车辆从事客运等。

3. 查处流程与法律依据：

   • 交通运输管理部门在查处非法经营行为时，通常会遵循一定的流程，包括现场检查、调查取证、制作行政处罚决定书等。
   • 法律依据主要包括《中华人民共和国道路运输条例》、《道路旅客运输及客运站管理规定》等相关法律法规。这些法规明确规定了道路客运经营的许可条件、经营范围以及非法经营行为的法律责任。

4. 其他相关部门的协作：

   • 虽然交通运输管理部门是查处道路客运非法经营的主要机构，但在某些情况下，其他相关部门如公安、市场监管等也可能参与协作。
   • 例如，如果非法经营行为涉及治安问题或市场秩序问题，公安部门或市场监管部门可能会与交通运输管理部门联合行动，共同查处。

建议与提醒：

• 如果您发现道路客运非法经营行为，可以向当地的交通运输管理部门举报，并提供相关证据和信息。
• 作为道路客运经营者，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合法经营，避免非法经营行为带来的法律风险和经济损失。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律服务。